منابع پایان نامه درمورد انفورماتیک

دانلود پایان نامه ارشد

2-5-1- اتصال ورود ، پوشش برداری 19
2-5-2- پروموترهای ویروسی و تنظیم نسخه برداری 19
2-5-3 – سرهم بندی و رها شدن ویروس 21
2-5-4- همانند سازی DNA ویروس 21
2-6- الحاق DNA ویروسی در ژنوم انسان 23
2-7- پروتئین های ویروسی 24
2-7-1- پروتئین های اولیه E1 تا E6 24
2-7-2- پروتئین E7 25
2-7-3- پروتئین های L1 و L2 28
2-8- تیپ بندی پاپیلوماویروس ها 29
2-9- بیماری زایی 29
2-9-1- عفونت پوستی 30
2-9-2- عفونت حفره دهانی 31
2-9-3- عفونت مجاری تنفسی 31
2-9-4- سرطان مقعد 31
2-9-5- سرطان گردن رحم 32
2-9-6- HPV در کودکان 34
2-10- اپیدمیولوژی 35
2-11- مطالعه سرطان گردن رحم و عفونت پاپیلوماویروس در ایران 37
2-12- تشخیص 38
2-13- پاسخ ایمنی در برابر HPV 40
2-13-1- ایمنی اختصاصی 41
2-13-1- 1- پاسخ ایمنی هومورال 41
2-13-1-2- پاسخ ایمنی سلولی 42
2-13-2-پاسخ ایمنی ذاتی 43
2-14- درمان 44
2-15- پیشگیری 45
2-16- واکسیناسیون 46
2-17- واکسیناسیون علیه HPV 47
2-17-1- واکسن های نوترکیب با ناقل زنده 50
2-17-2-واکسن های پروتئینی و پپتیدی 51
2-17-3-ذرات شبه ویروس( VLPs) 52
2-17-4- DNA واکسن ها 56
-5-17-2 واکسن های خوراکی 59
2-18- اهمیت پاسخ های ایمنی هومورال و واکسن های پیشگیری کننده 63
2-19- اهمیت پاسخ های ایمنی سلولی و واکسن های درمان کننده 64
2-20-ایمونوانفورماتیک در علم واکسن 65
2-20-1-ﭘﺎﯾﮕﺎه های داده ها (Databases) 68
2-20-1-1- پایگاه های داده اﯾﻤﻮﻧﻮﻣﯿﮏ 68
2-20-1-2- ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اپی توپ ها و ﺳﺎﺧﺘﺎرهای آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﺑﺮای ﺳﻠﻮل B 69
2-20-1-3- ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮلT 72
2-20-2-اﺑﺰارها و اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های ﻣﺘﻨﻮع ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ 73
2-20-2-1-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B 74
2-20-2-2-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B ﺑﺮ ﻣﺒﻨﺎی ﻣﯿﻞ ذاﺗﯽ آﻣﯿﻨﻮاﺳﯿﺪ 75
2-20-2-3-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮلB ﺑﺎ اﺳﺘﻔﺎده از روش های ﯾﺎدﮔﯿﺮی ﻣﺎﺷﯿﻦ 77
2-20-2-4-روش ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﻏﯿﺮ پیوسته ﺳﻠﻮل B 78
2-20-2-5-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ های ﺳﻠﻮل T 82
2-20-3- ﮐﺎرﺑﺮدهای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ 83
2-21-واکسن همگانی (Universal vaccine) 84
2-22- واكسن سازی معكوس Reverse Vaccinology 84
2-23-ادجوانت ها 86
2-24-به دست آوردن قطعه DNA یاژن مورد نظر 89
2-25-کلونینگ ژن 90
2-25-1- مراحل کلون کردن ژن 90
2-25-2- میزبان کلونینگ 90
2-26- آنزیم های محدود کننده 91
2-26-1-آنزیم لیگاز 91
2-27- حامل های کلونینگ 91
2-28-غربالگری وجود ژن 92
2-29-انواع سیستم های بیانی و مزیت اشرشیاکلی 92
2-30-وکتورهای بیان کننده 94
2-30-1- وکتورهای بیان کننده سیستمpET 94
2-31-وکتورهای پلاسمیدی 96
2-32-توالی شاین دلگارنو(SD)(Shine-delgarno) 97
2-33-استراتژی بیان در سیستمpET 97
2-34-نقشه و مشخصات وکتورpET28a(+) 98
2-35-تولید پروتئین نوترکیب 99
2-36-مراحل تهیه یک پروتئین نوترکیب در اشرشیاکلی 99
2-37-بیان ژن و تولید پروتئین نوترکیب در E.coli 100
2-38-راهکارهای افزایش تولید پروتئین نوترکیب در اشرشیاکلی 101
2-39-تخلیص پروتئین نوترکیب 102
2-40- فرضیات و هدف از انجام تحقیق 103
2-40-1 -فرضیات 103
2-40-2 – هدف از انجام تحقیق 103

فصل سوم: مواد و روش ها…………………………………………………………………………………………..104
3-1-مجموعه توالی های پروتئین 105
3-2-پیش بینی اپی توپ سلول B 105
3-3-قابلیت دسترسی اپی توپ به حلال 106
3-4-محل های N-Glycosylated 107
3-5-ترجمۀ معکوس اولین ساختمان 107
3-6-بهینه سازی کدون، تعیین کدون های نادر (rare codon) 108
3-7-تولید ساختار واکسن 109
3-8-تهیه باکتری مستعد شده 109
3-9-ترانسفورم نمودن پلاسمید بیانی 111
3-10- SDS-PAGE 114
3-11-بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی در مقیاس کم 115
3-12-کشت انبوه سویه بیانی و تهیه جسم سلولی 117
3-13-بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی در مقیاس بالا 117
3-14-الکتروفورز پروتئین در ژل آکریل آمید در حضور SDS 119
3-15- رنگ آمیزی ژل با کوماسی بلوR-350 122
3-15-1- روش تهیه محلول ها 122
3-15-2- روش رنگ آمیزی 123
3-16- وسترن بلاتینگ 123
3-16-1- انتقال در تانک 124
3-16-2- مسدودسازی غشا 125
3-16-3- تشخیص با آنتی بادی 125
3-17-تخلیص پروتئین با یون های نیکل متصل به ماتریکس NTA نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی روی ماتریکس Ni-NTA 126
3-18-بهینه سازی تخلیص 127
3-19-ارزیابی پروتئین تخلیص شده با روش SDS-PAGE 127
3-20-تخلیص انبوه پروتئین نوترکیبHPV واکسن کاندید چند اپی توپی 128
3-21- دیالیز و تغلیظ پروتئین HPV واکسن کاندید چند اپی توپی تخلیص شده 134
3-22- ارزیابی پروتئین تخلیص شده 136
3-23- روش برادفورد 136
3-23-1- طرز تهیه محلول های مورد نیاز 137
3-23-2- طرز تهیه محلول برادفورد 137
3-23-3- طرز تهیه محلول استاندارد پروتئین ذخیره با غلظت 1000μic/ml 137
3-23-4- طرز تهیه محلول استاندارد پروتئین با غلظت 10,100mic/ml 137
3-24- بررسی خلوص پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی تخلیص شده با روش SDS-PAGE 138
3-25-بررسی پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی تخلیص شده با وسترن بلات 138
3-26-پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی 139
3-27- حیوان آزمایشگاهی 139
3-28-ادجوانت‌ فروند ناقص 139
3-29-گروه‌های تجربی و واکسیناسیون موش‌ها 140
3-30- بررسي پاسخ هاي همورال 141
3-30-1- بررسي سطح آنتي بادي توتال در رقت های مختلف سرمی 142

فصل چهارم: نتایج …………………………………………………………………………………………………….144
4-1-پیش بینی اپی توپ سلول B 145
4-2- قابلیت دسترسی اپی توپ ها 149
4-3-محل های N-Glycosylated 151
4-4-انتخاب اپی توپ ها و اتصال پپتیدها برای تولید ساختمان واکسن 153
4-5-ارزشیابی توالی پروتئین 155
4-6-ترجمۀ معکوس ساختمان اول 157
4-7-نتایج تایید بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی با روش SDS-PAGE 159
4-8- نتایج تایید بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی با روش وسترن بلاتینگ 161
4-9-نتایج بررسی پاسخ های ایمنی همورال 162
4-9-1- نتایج بررسی سطح آنتی‌بادی توتال اختصاصی واکسن کاندید 162

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری…………………………………………………………………………………………………………………..164
5-1- بحث و نتیجه گیری 165
5-2-پیشنهادات و چشم اندازها 168

References …………………………………………………………………………………………………………………………………………………169

ضمائم:
فهرست اشکال :
شکل 2-1.ساختمان ویروس پاپیلوما……………………………………………………………………………………………………………………….16
شکل 2-2. نقشه ژنومی در پاپیلوما ویروس……………………………………………………………………………………………………………..18
شکل2-3.نمایی از تکثیر پاپیلوما ویروس در ارتباط با عملکرد پروتئین های غیرساختاری……………………………………………..18
شکل2-4. مواردی از عفونت پاپیلوما ویروس ها……………………………………………………………………………………………………..30
شکل 2-5. مراحل اصلی پاپیلوماویروس و محل آنها در اپی تلیوم اسکوآموس…………………………………………………………….41
شکل 2-6. ساختار شماتیک و توالی ژنی ناحیه بیانی pET-28a(+)…………………………………………………………………………..99
شکل4-1. نمایش انتخاب اپی توپ ها با میزان بالای قابلیت دسترسی به حلال ، در اینجا ساختمان های پروتئین L1 از سروتایپ های HPV 11, 16, 18, 31, 45 نشان داده شده اند…………………………………………………………………………………151
شکل4-2.طراحی اولیه ساختار اپی توپ های منتخب ، E1 تا E10 برای پروتئین L1 و E11 تا E20 برای L2 طراحی شدند………………………………………………………………………………………………………………………………………………………………..155
شکل 4-3. آنالیز آنتی ژنی سیتی ساختمان توسط برنامه پروتئان آنالیز ،. این نتایج نشان داد که قسمت های اصلی ساختار پروتئنی جدید خصوصیات هیدروفیلیک دارد، بنابراین توان آنتی ژنیک را دارد……………………………………………………………157
شکل4-4. توالی ترجمه شده معکوس برای بهینه سازی کدون و کدون نادر برای افزایش سطح بیان ژن و انحلال پذیری پروتئین ارزشیابی شد. به این منظور OPTIMIZER و سرورهای GenScript با هم بکار برده شدند…………………..158
ششکل 4-5. نتایج ترجمه معکوس و بهینه سازی …………………………………………………………………………………………………159
شکل 4-6.نتایج تایید بیان پروتئین نوترکیب HPV واکسن کاندید چند اپی توپی و مشاهده باند در محدوده 45 کیلو دالتون……………………………………………………………………………………………………………………………………………………………….160
شکل4-7. pET28a(+)/HPV، SDS-PAGE قبل و بعد از تخلیص پروتئین ، نتیجه تخلیص به صورت تک باند و در محدوده 45KD است………………………………………………………………………………………………………………………………………….160
شکل4-8. نتایج Western Blot و SDS-PAGE ، نتیجه در محدوده 45KD است……………………………………………..161
شکل4-9. SDS-PAGE بعد از تخلیص انبوه پروتئین ، نتیجه به صورت تک باند و در محدوده 45KD است…………..162

فهرست جداول:
جدول 2-1. خصویات واکسن چهار ظرفیتی و دوظرفیتی HPV ……………………………………………………………………………….53
جدول 2-2.واکسن های پیشگیری کننده در حال توسعه……………………………………………………………………………………………61
جدول2-3.واکسن های درمانی HPV درحال توسعه………………………………………………………………………………………………..62
ﺟﺪول2-4.ﭘﺎﯾﮕﺎه داده اپی توپ ها و ﺳﺎﺧﺘﺎرهای آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﺑﺮای ﺳﻠﻮل B ﻣﺨﺘﻠﻒ ……………………………………………………..72
ﺟﺪول 2-5. ﺗﻌﺪادی از اﺑﺰارهای ﻣﻮﺟﻮد جهتﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B ………………………………………………………….75
ﺟﺪول 2- 6 . ﻣﻨﺎﺑﻊ ﻣﻮﺟﻮد جهتﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮلB ……………………………………………………………………………80
جدول3-1. سکانس های استفاده شده برای طراحی ساختار کاندید یونیورسال واکسن HPV……………………………………..105
جدول3-2.گروه بندی موش های مورد مطالعه………………………………………………………………………………………………………141
جدول 4-1. پیش بینی اپی توپ سروتیپ های HPV 11.16.18, 31, 45 با استفاده از سرور BCPREDS……………….149
جدول 4-2.فهرست نتایج

پایان نامه
Previous Entries مقاله درمورد دانلود امام صادق، حوزه و دانشگاه، سازمان ملل متحد، دانشگاه امام صادق(ع) Next Entries مقاله درمورد دانلود امام صادق