حکومت ایرانزو پادشاه ماننا بود ولی در مرزهای آن پادشاهی متصرفات فرمانروایان نیمه مستقلی قرار داشتند که برای موجودیت دولت ماننا خطرناک بودند. این فرمانروایان عبارت‌اند از: پادشاهی اوئیش دیش که تقریباً در ناحیه کنونی مراغه بوده است و زیکرتو در ناحیه میانه و اردبیل کنونی و آندیا در بخش سفلای دره قزل‌اوزن و سفیدرود و سرزمین دیوک در بخش علیای همان دره. پس از تشکیل دولت هخامنشی آذربایجان نیز بانضمام سایر مناطق ایران به تصرف آن‌ها در می‌آید و در زمان پادشاهی داریوش، آذربایجان یکی از ساتراپیهای مهم ایران محسوب می‌شده است. در این زمان پایتخت یا مرکز آذربایجان شهر شیز واقع در جنوب شرقی شهر مراغه بود. در زمان حمله اسکندر مقدونی به ایران فرمانروای ماد کوچک شخصی به نام آتروپات با اسکندر مصالحه کرد و توسط وی در حکومت این منطقه ابقا شد و از آن به بعد نام ایالت ماد در پارسی میانه “آتروپاتاکان” و در پارسی ادبی”آذربادگان” یا “آذربادیگان” و در پارسی جدید آذربایجان و در یونانی قدیم آتروپانته و در یونانی بیزانسی “آدربیغانن” است. در زمان اشکانیان نیز مدتی پایتخت آذربایجان در 25 فرسنگی جنوب شرقی دریاچه ارومیه شهری بنام “فرسپا” بوده است. در زمان ساسانیان به علت وجود آتشکده آذرگشنسب در شهر شیز که مورد توجه پادشاهان ساسانی بوده است، مسلماً موجب آبادی نواحی اطراف از جمله مراغه بوده است و در همین زمان احتمالاً نام مراغه افرازه رود، افرازه روح، انداد هه رود و بالأخره امداده هارود بوده است. محمدرضا الموسوی الرضوی الطباطبائی تبریزی مؤلف کتاب تاریخ اولاد اطهار چنین آورده است، مولد و منشأ زرتشت همین شهر است و مروج مذهب آتش‌پرستی در سرزمین مراغه در سمت شرقی دریاچه ارومیه به ترویج مذهب خود مشغول شده و کتاب زند را نوشته است. لذا با توجه به مطالب و مندرجات فوق می‌توان نتیجه گرفت که تاریخ موجودیت این شهر به دوره‌های ماد و زرتشت می‌رسد.(مروارید،1372، 611 و 612)
2-5-3 مراغه بعد از اسلام
در سال 22 ه.ق مراغه به وسیله مغیره بن شعبه گشوده شد. در سال 123 ه.ق مروان بن محمد موقع بازگشت از جنگ مغان و گیلان در این محل فرود آمد و اقامت اختیار کرد. در این زمان اهالی مراغه زمین‌های خود را به پناه مروان سپردند. مروان دستور داد که بناهایی در این شهر برپا کنند و عمال او را به گردآوری اموال از طرف همت گماشتند و مردم نیز به آبادی این ملک تلاش کردند.(بهار تاش،1387، 7) در دوران هارون‌الرشید مراغه به یکی از دختران خلیفه اختصاص داشت. در زمان جنگ‌های اعراب با بابک خرم دین این شهر پناهگاه قشون عرب بود و افشین – سردار ایرانی سپاه عرب- شهر مراغه را مرکز زمستانی سپاه خود قرارداد. حدود سال‌های 410 تا 460 ه.ق غزها بر آذربایجان تاختند و از روستائیان بسیار کشتند و مساجد را به آتش کشیدند. (همان،1387، 8) در سال 466 ه.ق مراغه جزو قلمرو سلاجقه به شمار آمد. در سال 498 ه.ق ملکشاه سلجوقی باعزت تمام از مراغه دیدار کرده است و همین طور در سال 505 ه.ق امیرمحمد یل بن ابراهیم بن وهسودان در مراغه حکمرانی کرده و عاقبت به دست فداییان اسماعیلیه کشته شد و بنای «گنبد سرخ» از آثار معماری فاخر این دوره محسوب می‌شود. در سال 514 ه.ق قشون سلطان مسعود سلجوقی در حوالی مراغه با قشون محمود روبرو شده و در سال 516 ه.ق شهر مراغه به تصرف سپاه محمود در آمد و سلطان محمود گناه برادرش مسعود را بخشیده و از خون وی در گذشت. در سال 622 ه.ق شهر مراغه پس از محاصره طولانی به دست جلال‌الدین خوارزمشاه فتح گردید و بانوی قلعه رویین دز به عقد ازدواج سلطان در آمد و قسمتی از ویرانی‌های مراغه بعداً به دست مغولان ترمیم گشت و بدین ترتیب خاندان احمد یلیان و حکومت آنان در مراغه منقرض گردید. (خیری،1385، 18-186)
2-5-4 مراغه در عهد حکومت هلاکو و سایر ایلخانان
هلاکو پس از تصرف شهر بغداد به علت شدت حرارت و بدی هوا در تاریخ 24 صفر 656 ه.ق از آنجا خارج و از راه همدان و کرمانشاه به ایران مراجعت و در آذربایجان مستقر گردید و کلیه غنائمی را که از غارت بغداد و بلاد دیگر به چنگ آورده بود به آذربایجان انتقال داده و قسمتی از این غنائم را در یکی از جزایر داخلی دریاچه ارومیه در عمارت مستحکمی که در آنجا ساخته بود ذخیره نمود و قسمتی را به خدمت برادر خود فرستاد، سپس شهر مراغه را که به لحاظ داشتن اراضی صاف و رودخانه صافی و قسمت کوهستانی خنک و خرم در شمال و داشتن اراضی جلگه‌ای صاف در کنار دریاچه ارومیه که بهترین مرتع برای اسب‌های بی‌شمار اتباعش بود به پایتختی انتخاب نمود. هلاکو با انتخاب مراغه به پایتختی خود مرکزیت خاصی به این شهر بخشید و از این زمان است که مراغه به اوج اعتلای شهرت و آبادانی می‌رسد. به فرمان هلاکو دانشگاهی بزرگ و رصدخانه معروف و سایر مراکز تحقیقات و علمی به وسیله خواجه نصیرالدین طوسی با همکاری چندین دانشمند ستاره‌شناس دیگر تأسیس می‌گردد و دانش‌پژوهان از اطراف و اکناف عالم جهت کسب علم و معرفت و مطالعه به این شهر روی می‌آورند. در سال 663 ه.ق هلاکو در اثر عارضه‌ای که منجر به سکته گشت در گذشت و طبق آئین مغول دخمه‌ای ساختند و زر و جواهر در آنجا ریختند. (مروارید،1372: 165). در دوران حکومت هلاکو، به دلیل تعلق خاطر همسر وی به دین حضرت مسیح، مراغه و حومه‌ی آن کانون تمرکز مسیحیان محسوب شده و ارامنه، رومیان و نسطوریان و صاحبان حرف و هنرمندان این فرقه‌ها در این شهر گرد هم آمده و کلیسا و دیر و عبادتگاه برای خود ساختند و در عوض مسلمانان در تنگنا قرار گرفتند. (خیری،1385، 190) جامعه مسیحی ساکن مراغه در دوره ایلخانیان از موقعیت ممتازی برخوردار بوده و رهبر مذهبی آن‌ها دارای قصر بوده است. با جلوس غازان خان وضع تغییر می‌کند و اسلام پیروزی می‌یابد و حتی وی فرمان چپاول معابد بودائی و کلیساهای مسیحی را می‌دهد. (اشپولر،1380، 225)
2-5-5 مراغه، دوره قاجار و معاصر
در سال 1276 ه.ق ناصرالدین‌شاه قاجار هنگام مسافرت به آذربایجان از شهر مراغه و بقایای رصدخانه خواجه نصیرالدین طوسی و غارهای پیرامون آن دیدن کرده و دستور مطالعه آن را به علیقلی میرزا (اعتضاد السلطنه) و فرهاد میرزا و نیز ملاعلی محمد اصفهانی (ریاضی‌دان) و میرزا احمد حکیم‌باشی کاشانی صادر می‌نماید. در سال 1284 ه.ق اکراد یاغی پیرامون مهاباد به شهر مراغه هجوم آوردند. هدف اصلی این تهاجم که به حمله «بلباس» معروف است، قتل و غارت و تصرف اموال و دارایی‌های ساکنین شهرها و آبادی‌های پیرامون بوده است. همزمان با جنگ جهانی دوم، مراغه همانند سایر شهرهای آذربایجان به اشغال طولانی مدت نیروهای اتحاد جماهیر شوروی سابق درآمد و مناطق نظامی و نیز مسکونی این شهر هدف بمباران‌های هوایی مرگبار قرار گرفت. «صمدخان شجاع الدوله» مخالف سرسخت مشروطه خواهان آذربایجان و چهره‌ی مستبد و ستمگر اواخر دوره قاجاریه از مراغه برخاسته است. وی از آخرین بازماندگان بلامنازع خاندان معروف «مقدم مراغه ای» بود که در دوره‌های صفویه و قاجاریه پیوسته حاکمیت مراغه را به عهده داشتند. وی کاخی در انتهای کوچه شیخ تاج در کنار رودخانه صوفی چای داشت که ویران شده است. در اسفندماه 1340 خورشیدی لایحه‌ی «اصلاحات ارضی» دولت محمدرضا شاه پهلوی، نخستین بار در مراغه به مورد اجرا گذاشته شد. (خیری، 1385، 194)
2-6 دروازه‌ها و محلات مراغه
درباره شهر مراغه جدا از نویسندگان و محققان داخلی، چه بسیار خارجیانی که در کسوت سیاح یا مستشار از مراغه دیدن کرده‌اند و یادداشت‌های بسیاری نیز بر جای گذارده‌اند که بازخوانی تعدادی از آن‌ها می‌تواند وسیله‌ای برای آشنایی خوانندگان با بافت معماری سنتی و قدیمی مراغه باشد مراغه به تناسب وسعت خود چندین دروازه‌ی ورودی در جهات جغرافیایی اصلی داشته است. دروازه‌های معروف شهر عبارت بودند از: دروازه‌ی احمدی، حاجی میرزا، گیلاسلوق، آق داش و کوره خانه. محل دقیق دروازه‌های شهر معلوم نیست ولی می‌توان بر اساس شواهد باقی‌مانده حدس‌هایی در این مورد زد. در گذشته ورود و خروج از شهر برنامه مشخصی برای خود داشت، دروازه‌های شهر با طلوع آفتاب گشوده و با غروب آفتاب بسته می‌شد و عده‌ای مسئولیت دروازه بانی را بر عهده می‌گرفتند و بر چگونگی احوال و رفتار افراد وارد یا خارج‌شده نظارت می‌کردند. اطراف مراغه را دورتادور قبرستان تشکیل می‌داد، قبل از توسعه شهر تا این اواخر سنگ قبرهای این گورستان‌ها دیده می‌شد. محلات شهر به طور کلی به چهار قسمت تقسیم می‌گردید، این محلات عبارت‌اند از:
1- کوی سالار خانه: این کوی از طرف شمال به خیابان اوحدی و از شرق به خیابان خواجه نصیر و از غرب به خیابان بلوری و صافی رود محدود بوده و در قسمت جنوب سابقاً به باغات و در حال حاضر به ایستگاه راه‌آهن و انبار نفت و قسمتی از تأسیسات راه‌آهن محدود می‌شد.
2- کوی میدان: کوی میدان از طرف شمال به خیابان اوحدی و از غرب به خیابان خواجه نصیر محدود می‌شد. سمت جنوبی این کوی نیز سابقاً به باغات و مزارع محدود می‌شد. در حال حاضر علاوه بر اینکه امتداد خیابان امام خمینی معروف به خیابان هشترود از این منطقه می‌گذرد، خیابان‌های جدیدی در این منطقه احداث‌شده و قسمت اعظم ایستگاه راه‌آهن، سیلوو همچنین منطقه مسکونی بزرگی که در جنوب این منطقه احداث شده است و نیز گنبد سرخ از آثار مشهور باستانی مراغه، در این ناحیه قرار گرفته است.
3- کوی اتابک: کوی اتابک از طرف جنوب به خیابان اوحدی و از مشرق به خیابان خواجه نصیر محدود بود. در زمان‌ها‌ی قدیم منازل موجود در این ناحیه از سمت غرب به ساحل رودخانه صافی محدود می‌شد و قسمت شمال آن را، باغات تشکیل می‌دادند. در حال حاضر علاوه بر اینکه رودخانه صافی در داخل این بخش قرارگرفته و در دو طرف آن منازل مسکونی و مؤسسات تشکیل شده است، قسمت شمال نیز توسعه فراوانی یافته و خیابان‌های جدید و ادارات و مؤسساتی در این قسمت احداث شده است. گنبد غفاریه چون نگینی در این قسمت دیده می‌شود.
4- کوی دروازه: کوی دروازه از طرف جنوب به خیابان اوحدی و از غرب به خیابان خواجه نصیر محدود می‌شد. شمال و شرق این ناحیه محل سکونت بوده است و مؤسسات فرهنگی و اداری و همچنین خیابان‌های متعددی در این ناحیه احداث گردیده است. دو اثر باستانی گنبد کبود و برج مدور در این ناحیه قرار دارند.
2-7 حصار شهر
در گذشته‌های دور یکی از راه‌های دفاعی شهر و تأمین امنیت آن در مقابل هجوم اقوام مهاجر، ساخت حصار و باروی بلند و مستحکم دورادور شهر بوده است. تمامی شهرهایی که از قدمت تاریخی برخوردارند، با حصارهای مقاومی محافظت می‌شده‌اند. به هنگام حمله دشمن مردم شهر و حاشیه آن به داخل حصار پناه برده و از آسیب و غارت مهاجمان در امان می‌ماندند، مراغه نیز بسان دیگر شهرهای تاریخی تمام مشخصات لازم یک شهر کهن را در خود داشته است که می‌توان به قرار گرفتن در کنار یک رود روان از جهت تأمین آب مصرفی شهر، موقعیت کوه‌های اطراف که حالت تدافعی بالایی به شهر می‌دهد و وجود حصاری محکم در کمربند شهر اشاره کرد. مراغه شهری بوده که مورد تاخت‌وتاز بسیار مهاجمان خارجی چون روس‌ها و عثمانی‌ها یا شورش و غارت اقوام و ایلات داخلی چون اقوام کرد یا شاهسون‌ها بوده و خسارات بسیاری نیز از این راه متحمل شده است. قدیمی‌ترین اثری که اشاره به ساخت حصار مراغه دارد، فتوح البدان اثر احمد بن یحیی بلاذری است که تاریخ نگارش آن به سال 255 ه.ق می‌رسد. بلاذری در خصوص حصار مراغه می‌نویسد: «هنگامی که وجنا ازدی و صدقة بن علی، مولای ازدی بشوریدند، خزیمه بن خازم بن خزیمه از جانب هارون‌الرشید والی ارمنستان و آذربایجان گردید و حصار مراغه را بساخت و شهر را استوار و آبادان کرد. سپاهی عظیم در آن جای داد. چون بابک خرم دین در «بذ» سر به شورش برداشت، مردم به مراغه پناه برده و در آن تحصن جستند». (غلامیه،1385، 7-9) ویلسون یکی دیگر از خارجیانی است که از مراغه دیدن کرده و با اطلاعاتی که از مراغه می‌دهد، نشانگر
