وهمین امرسبب نارضایتی مردم شد تاسرانجام منزلش رامحاصره کرده واورابه قتل رساندند.
موضع حضرت علی(علیه السلام) در ماجرای قتل عثمان میانجیگری بود با وساطت حضرت علی(علیه السلام) شورشیان به سمت خانه‌های خود برگشتند اما زمانیکه مطلع شدند که عثمان به عهد خود وفا نمی‌کند و آنان را فریب داده است از راه برگشتند وبه خانه عثمان هجوم بردند در این زمان حضرت علی پسران خود محمدبن حنیفه، حسن و حسین را به حفاظت از خانه‌ی عثمان مأمور کرد آنان حتی در این راه زخمی شدند.
بامرگ عثمان در سال 36هجری مردم به حضرت علی هجوم آوردند و با اصرار او را به خلافت انتخاب کردند. حضرت علی در مدت 4سال و چند ماه که حکومت کردند با مشکلاتی مواجه بودند جنگ جمل به سرکردگی عایشه 0همسر پیامبر) اتفاق افتاد این جماعت تصمیم گرفتند همسران دیگر پیامبر مثل حفصه دخترعمربن الخطاب را با خود علیه حضرت علی(علیه السلام) همراه کنند اماعبدالله بن‌عمر برادر حفصه از رفتن او جلوگیری کرد.56
زبیر از جمله کسانی بود که با تحریک معاویه در این جنگ شرکت کرد(طلحه و زبیر از اولین کسانی بودندکه با علی بیعت کرده بودند و زبیردر شوری شش نفره به نفع علی کنار رفته بود.اما در این زمان علیه حضرت علی وارد جنگ می‌شود.عده‌ای از مورخان معتقدند که زبیر با وسوسه‌های عبدالله و معاویه در این جنگ شرکت کرد.)
در این جنگ عایشه اسیر شده بود و حضرت علی(علیه السلام) او را به همراه برادرش محمدبن ابی‌بکر به مدینه فرستاد57 (محمد بن‌ابی‌بکر بعد از وفات پدرش ابی‌بکر به همراه مادرش اسماء بنت عمیس به خانه امام علی رفت و در دامان آن حضرت به همراه حسنین بزرگ شد) جنگ صفین به سرکردگی معاویه (پسر عموی عثمان) اتفاق افتاد و با نیرنگ عمرو عاص به نفع آنان خاتمه یافت.
غیر از جنگهایی که حضرت علی با آن مواجه شد پیدایش خوارج و انحراف فکری آنان یکی دیگر از مشکلات امام علی(علیه السلام) بود و سرانجام به دست یکی از این منحرفین(خوارج) به‌نام ابن‌ملجم مرادی در سال چهلم هجری به شهادت رسیدند.
حضرت در طول حیات زندگی خویش تعاملاتی با خلفا داشتند و در زمینه‌های گوناگونی به آنان کمک می‌رساندند. موضوعاتی همانند مشاوره اقتصادی و نظامی، همکاری علمی و قضایی، و ارائه راهنمایی‌های لازم در امور دیوانی از موارد تعامل امام علی(علیه السلام) با خلیفه اول بر شمرده شده است و در زمان خلیفه دوم افزون بر همکاری و مشورت نظامی امام علی(علیه السلام) در جسر و جنگ با رومیان و نبرد بیت المقدس و… پیروان حضرت هم در جنگ‌ها و مسایل حکومتی با خلیفه همکاری داشتند این همکاری‌ها در زمان خلیفه سوم هم ادامه داشت.
در این‌جا چند نمونه از این تعاملات را بیان می‌کنیم:
1ـ تعامل با خلیفه اول
بعد از وفات پیامبر گروه‌هایی از دانشمندان یهود و نصارا پرسش‌هایی از خلیفه مطرح کردند گروه‌هی از یهودیان به خلیفه گفتند: در تورات چنین می‌خوانیم که جانشینان پیامبر، دانشمندترین امت آنان هستند اکنون که شما خلیفه پیامبر هستید پاسخ دهید که خدا کجاست؟ در آسمان‌ها است یا در زمین؟
ابوبکر پاسخی داد که آنلان را قانع نکرد. او برای خدا مکانی در عرش قائل شد که موجب انتقاد یهودیان شد. در این لحظه حضرت علی به کمک خلیفه آمد و فرمود: مکان‌ها را خدا آفریده و او بالاتر از آن است که مکان‌ها بتوانند او را فرا گیرند او همه جا هست ولی هرگز با موجودی تماس و مجاورتی ندارد او بر همه چیز احاطه عملی دارد و چیزی از قلم و تدبیر او بیرون نیست.58
2ـ تعامل با خلیفه دوم:
همانند دوران خلیفه اول در دوران خلیفه دوم نیز حضرت گره گشا و مشاور بسیاری از معضلات نظامی، سیاسی، علمی، قضایی، اقتصادی و… بودند.
گسترش اسلام پس از پیامبر و بروز پدیده‌های جدید که حکم آنان در قرآن و روایات پیامبر وجود نداشتن. لذا حضرت علی به کمک خلفا از جمله عمر که از حل پدیده‌های تازه ناتوان بود می‌شتافت و حکم الاهی را بیان می‌کرد تا آن‌جا که شعار «لو لاعلی لهلک عمر »59 شنیده شد.
تاریخ بسیاری از همراهی‌های امام علی را در این باره بیان کرده و از زبان معاویه هم آمده است که هرگاه برای عمر مشکلی پیش می‌آمد نزد علی می‌رفت.60 و حضرت عالمانه پاسخ می‌داد برای مثال دو نفر از خلیفه‌ی دوم در مورد طلاق پرسیدند عمر به عقب نگریست و پرسید ای علی نظر تو در این باره چیست؟ امام علی(علیه السلام) با دو انگشت خود اشاره کرد و به این وسیله پاسخ داد آنان اعتراض کردند که ما ازتو می‌پرسیم آن‌گاه تو از دیگری می‌پرسی؟
عمرگفت: آیا پاسخ دهند هرا می‌شناسید؟ وی علی بن‌ابی‌طالب است و من از پیامبر شنیدم که ایمان علی از وزن آسمانن‌ها و زمین سنگین‌تراست.61
حضرت هم‌چنین درباب میزان دریافت از بیت‌المال، مصرف جواهر کعبه، تقسیم سرزمین‌های عراق به خلیفه‌ی دوم مشاوره و راهنمایی داده است.
3ـ تعامل باخلیفه سوم:
«امام علی و داوری‌های عثمان»
در زمان خلافت عثمان، مردی دارای دو زن یکی از انصار و دیگری از بنی‌هاشم بود از قضا آن مرد زن انصاری خود را طلاق داد و پس از مدتی درگذشت. زن انصاری نزد خلیفه آمد وگفت عده من سپری نشده است و من میراث خود رامی‌خواهم. عثمان ازحضرت علی(علیه السلام) کمک خواست و حضرت فرمود: اگر زن انصاری سوگند یاد کند که پس از درگذشت شوهرش سه بار قاعده نشده می‌تواند از شوهر خود ارث ببرد عثمان به زن هاشمیه گفت: این داوری مربوط به پسر عمت علی است و من در این باره نطری ندارم وی گفت: من به داوری امام علی(علیه السلام) راضی هستم او سوگند یاد کرد وارث برد.62
«حمایت از جان عثمان»
فرستادن آب از طریق پسرانش حسن و حسین و جلوگیری از قتل خلیفه اقداماتی بود که حضرت علی در حمایت از عثمان انجام داد.
حضرت به فرزندان خود حسن و حسین دستور می‌دهد شمشیرهای خود را بردارند و بر در خانه‌ی عثمان بایستند و اجازه ندادند کسی به خلیفه دست یابند.63 امام حسن در این راه مجروح و سر قنبر غلام امام علی شکست.
وساطت و میانجیگری امام علی(علیه السلام) در محاصره‌ی خانه‌ی عثمان بدان معنا نبود که اعمال خلیفه مورد و قابل دفاع برابرحضرت باشد علی(علیه السلام) می‌کوشید تا با وساطت خود از وقوع فتنه و آشوب در جامعه جلوگیری کند.
بعد از قتل عثمان حضرت بلافاصله اقدام به دفن عثمان کردند.
امام حسن (علیه السلام)
بعد از شهادت حضرت علی(علیه السلام) مردم با امام حسن بیعت کردند. عده‌ای از مورخان مغرض سعی کردند تا با جعل و ترویج اخبار پوچ شخصیت امام را خدشه دار کنند و امام حسن را فردی معرفی کنند که دائمأ در حال تزویج و طلاق بوده 64 و در امر سیاست و حکومت فاقد تدبیر و درایت، و در اخبار مربوط به صلح امام حسن این گونه عنوان کردند که حضرت باچند تعهد که جنبه‌ی مالی داشته حاضرشده است از حکومت کناره بگیرد. در حالی‌که اینها تنها یک اتهام است چرا که: امام حسن بارها بر این نکته تصریح کرده است که«خلافت حق اوست و تنها از روی اجبار به معاویه واگذار می‌کند»65
درباره‌ی اتهام مطلاق بودن امام حسن به طور مفصل در فصل امام حسن بحث و بررسی شده است.
درباره شهادت امام حسن (در فاصله سالهای 49 تا 51 هجری )66گفته شده که معاویه ضمن توطئه‌ای با کمک همسر امام که دختر اشعث بن‌قیس کندی بود حضرت را به شهادت رساند.67 بعدها که مدینه توسط سپاهیان شام غارت شد خانه همین زن به تاراج رفت اما به پاداش خوش خدمتی ان روز، امئالش بدو باز گردانده شد68.
در سال چهل و یک هجری معاویه با توسل به زور حکومت را بدست گرفت این حکومت تا سال 132 هجری به طول انجامید.
اگر نگاهی به دوران عصر جاهلیت داشته باشیم روشن است که بین امیه و هاشم درگیری وجود داشته است پس از مردن آنها این در گیری به فرزندان آنان منتقل گردید. در زمان پیامبر بنی‌امیه بیشترین مخالفت‌ها و دشمنی‌ها را با پیامبر کردند سر دسته مخالفان و دشمنان پیامبر ابوسفیان از بنی‌امیه بود معاویه با حکمرانی بر شام در دوران امام علی جنگ صفین و در زمان امام حسن با توسل به نیرنگ هم‌چنان بر حکومت باقی ماند با شروع خلافت عثمان، بنی‌امیه حکومت را بدست آورده بودند و بیشترین الطاف از ناحیه عثمان به سمت بنی‌امیه بود برای نمونه قبضه کردن شام توسط معاویه بود هنگامی که معاویه به خلافت رسید نزدیک بیست سال بود که بر شام سلطنت می‌کرد و مجموعا چهل سال در مقام ولایت شام و سلطنت بر کشور اسلامی با مردم سرو کار داشت معاویه اولین کسی بود که خلافت را به پادشاهی تبدیل کرد.
امویان تیره‌ای از قبیله‌ی قریش بودند که سال‌ها قبل از بعثت و در عصر مبعوث شدن نبی مکرم اسلام با توجه به کینه و رقابت دیرینه‌ی خود با بنی‌هاشم و در رأس آنها حضرت محمد مصطفی از جمله سرسخت ترین دشمنان اسلام بودند.
سردمداران این حزب اگرچه از روی اکراه و ترس از شمشیر مسلمانان (به خاطر ملاحظات سیاسی) به دین اسلام گرویده و لقب«طلقاء» را گرفتند، اما آنان به هر قیمتی که بود برای خود جای پایی باز کرده، به کرسی حکومت و خلافت اسلامی تکیه زدند به طوري كه پس از شهادت امیرالمؤمنین هم‌چنين قضیه‌ی صلح امام حسن مجتبی و عدم توفیق تحقق حکومت اسلامی توسط امامان شیعه، حکومت اسلامی و قدرت سیاسی به دودمان اموی منتقل شد (آقانوری، 1385: 159).
بنی امیه در هنگام حکومت، دشمنی خود را نسبت به اهل بیت پیامبربه جایی رساندند که اگر نوزادی به نام علی می‌دیدند او را به قتل می‌رساندند . از زمان معاویة بن‌ابوسفیان سب و لعن علی به صورت یک سنت متداول ادامه داشت، تا آنکه در زمان حکومت عمر بن‌عبدالعزیز خاتمه یافت البته معاویة بن‌یزید و عمر بن‌عبدالعزیز را باید از این خاندان استثناء کرد و از اقدامات مهم عمر بن‌عبدالعزیز این بود که به هنگام حکومت، حکم سب امیرالمؤمنین را برداشت.69
معاویه پسرش یزید را که شراب‌خوار و میمون باز بود به جانشینی انتخاب کرد این کار باعث مخالفت امام حسین و عبدالله بن‌زبیر در مکه شد در نهایت امام حسین با پیمان شکنی کوفیان به شهادت رسید و عبدالله بن‌زبیر توانست بعد از مرگ یزید و جانشین او معاویه دوم(شش ماه خلافت کرد و اندکی بعد مرد) از مردم مکه برای خودش بیعت بگیرد و عراق و حجاز(مکه و مدینه) یمن، مصر، شام، خلافت عبدالله بن‌زبیر را تصدیق کردند.
عبدالله بن‌زبیر سالهای 60 تا 64 هجری را خلافت کرد و در جنگی که با مروان(شاخه دیگر بنی‌امیه) و در محل مرج الراهط در گرفت شکست خورد و حکومت به شاخه دیگری از بنی‌امیه یعنی مروانیان منتقل شد(سالهای64 تا 134 هجری)
معاویه و جانشینان او که چهار نفر بودند را به مناسبت نام جدشان امیه، خلفای بنی‌امیه یا اموی می‌گفتند که نود و یک سال(از سال 41 تا 132 هجری) خلافت کردند.
بنی امیه به دو شاخه آل سفیان یعنی معاویة بن‌سفیان و پسرش یزید و نواده‌اش معاویه ثانی(از سال 41 تا 64 هجری ) و شاخه دیگر آل مروان(از سال 64 تا 132 هجری ) و اولاد اوتقسیم شد.
در بین خلفای بنی‌امیه، تنها معاویه سر سلسله و از شاخه سفیاتی معتبر بود و بقیه از شاخه مروانی مشهور بودند.بعد از عبدالملک بن‌مروان(شاخه مروانی) این چهار نفر معتبر ترین هستند.
1ـ ولیدبن عبدالملک(86 ـ 96 هجری) در عهد او مغرب الاقصی(مراکش) اندلس و ماوراء النهر و قسمتی از هندوستان فتح شد.
2ـ عمربن عبدالعزیز: پسر عموی ولید و نواده‌ی مروان بن‌حکم(101ـ 99 هجری) که عادل‌ترین و نیکو سیرت‌ترین امویان است و او پس از آنکه به خلافت رسید دشنام دادن به علی بن‌ابی‌طالب را که در عهد معاویه مرسوم شده بود و در تمامی ولایات پس از ادای خطبه نماز معمول بود ممنوع کرد و خود او نیز همه وقت به رای فقها و اهل تقوا خلافت می‌نمود.
گفته شده که جد عمربن عبدالعزیز، عمر بن‌الخطاب خلیفه دوم بوده است.
3ـ هشام بن‌عبدالملک(105ـ 125 هجری): در عهد او مسلمین از قفقازیه و ترکستان و جنوب فرانسه و سوئیس را فتح کرده و دولت اسلام را به منتهی بسطی که به خود دیده رسانده‌اند.
از وقایع داخلی مهم خلافت هشام خروج زیدبن علی نوه‌ی امام حسین و پسر امام سجاد است والی
