منبع مقاله درباره علوم پزشکی

دانلود پایان نامه ارشد

شامل تعدادی سکانس 36 جفت باز و بدون فاصلههای تکراری از 35 تا 41 جفت باز در طول آن میباشد (تصویر1-18). گونه‌ها و نژادها به دليل حضور و يا عدم حضور DRها و نیز تعداد آنها به ویژه در مناطق فاصله‌گذار متنوع و گوناگون هستند. عملكرد مناطق DRها به طور کامل شناخته نشده، اما ممكن است در اتصال پروتئينها نقش داشته باشند گرونن86( 1999). کازین و همكاران،DR-RFLP را به تفضيل و با جزييات بالا، با تكنيك‌هاي تايپينگ ديگر در مناطق جغرافيايي‌عريض و پهناور مورد مقايسه قرار دادهاند. کوسین(1998) تمايز و تفريق نژادي و گونه‌اي درمایکوباکتریوم بويس به طور مشابه نشان داد که اسپولیگوتایپینگ نیز با در نظر گرفتن این که هدف هر دو تكنيك بر اساس یک مكان هندسي كروموزومي بوده مناسب میباشد. اگرچه، در مطالعه 224 گونه‌اي در آمريكاي جنوبي، زوماراج و همكاران گزارش كردهاند كه DR-RFLP قادر به تمايز بيشتر تيپ‌ها نسبت به اسپولیگوتایپینگ مي‌باشد. زوماراج87( 1999) با اين وجود افتراق گونه‌اي این روش با اسپولیگوتایپینگ تقریبا مشابه بود ولی در ادامه توصيه كردند كه اجرای این روش ساده‌تر و نتايج آن راحتتر قابل بررسی مي‌باشد (دور، 2000).
1_16_1_2_5_ استفاده از مخلوط پروب‌ها در RFLP
زمانيكه بيشترين نیاز به تمايز و تفریق در تيپ‌ها باشد، استفاده از تعدادي پروب در RFLP مفيد است. اسکوس و همكاران توانستند با استفاده از 3 پروب يعني (IS6110, IS1081, PGRS) ،28 تيپ را در RFLP متمايز سازند در حالیکه با پروب PGRS به تنهایی 12 تيپ متمایز گردید بررسیهای ديگر، تمايز نژادي را با مخلوط كردن پروب‌ها كه قبلا توصيه شده بود بهبود بخشیدند (اسکوس، 1994).
1_16_2_تكنيك‌هاي ژنومي كه اساس آنها PCR مي‌باشد
1_16_2_1_ اسپوليگوتايپينگ88:
يکي از روشهاي مولکولي که بر اساس واکنش زنجيره اي پليمراز89 است به نام اسپوليگوتايپينگ معرفي گرديد که بيشتر براي جداسازي سويه هاي مايکو باکتريوم توبر کلوزيس کمپلکس بکار مي رود اسپوليگوتايپينگ به عنوان روش جايگزين تايپينگ به ويژه براي پي بردن سريع تر نتايج اهميت دارد. همچنين اين روش براي تمايز سويه هاي كمپلكس مايکوباکتريوم و براي مطالعات اپيدميولوژيكي وتمايز رده ها در بين كمپلكس مايكو باكتريوم توبركلوزيس شامل : مايکوباکتريوم آفريکانوم، مايکوباکتريوم توبرکلوزيس، مايکوباکتريوم بويس و مایکوباکتریوم بویس BCG، مايکوباکتريوم ميکروتي، مايکوباکتريوم کانتي، مایکوباکتریوم پنی پدی استفاده مي گردد اين روش ساده، آسان، تكرارپذير و داراي حساسيت بالا ميباشد، همچنین از اين روش ميتوان براي نمونه هاي كشت منفي استفاده كرد هامالکا90 (2008).روش اسپوليگوتايپينگ بر اساس پلي مرفيسم لوکوس کروموزومي 91 DR (توالي تکراري مستقيم) مي باشد(تصویر 1-7). يک قطعه DR به همراه يک توالي فاصله انداز مجاورش را توالي تکراري متنوع مستقيم يا 92DVR مي نامند (تصویر 1-19) اين لوکوس ابتدا توسط هرمانز و همکارانش شناسايي شد (Kam2005 ;Nikolayevskyy 2006 ;Hermans 1991). سپس اولين بار گرونن در سال 1993، روشي بر اساس پلي مرفيسم موجود در مناطق DR در مايکوباکتريوم توبرکلوزيس به نام اسپوليگوتايپينگ ابداع کرد. که با استفاده از اين روش، سويه هاي مايکوباکتريوم توبرکلوزيس را شناسايي کردند.

تصویر1-18: قطعات IS6110 و لوکوس DR در ژنوم مايکوباکتريوم توبرکلوزيس H37RV

تصویر1-19 : لوکوس DR و يک توالي فاصله انداز را DVR ميگويند.
بدين صورت که وقتي مناطق DR چندين سويه با يکديگر مقايسه شدند، به اين نتيجه رسيدند که ترتيب توالي هاي فاصله انداز تقريبا يکسان است اما حذف و اضافه شدن توالي فاصله انداز و DR نيز ممکن است رخ دهد .در مايکوباکتريوم بوويسBCG هر کدام از DVR هاي حاوي يک توالي تکراري مستقيم 36 جفت بازي و يک توالي کوتاه غير تکرار شونده با اندازه مشابه 35-41 جفت باز ( توالي فاصله انداز) مي باشد. 94 توالي فاصله انداز مختلف در بين DRها شناسايي شده است، اما تنها 43 توالي فاصله انداز به صورت معمول مورد استفاده قرار مي گيرد. بيشترين دليل براي فقدان توالي هاي فاصله انداز، حذف آنها مي باشد که ممکن است در يک يا چند توالي فاصله انداز صورت بگيرد که اين امر در اثر مکانيسم هاي مختلف ژنتيکي از جمله نوترکيب همولوگ و جابجايي انجام مي شود(شکل 1-20) تعداد کپي DRدر مايکوباکتريوم بوويس49 عدد مي باشد .در ساير سويه هاي کمپلکس مايکوباکتريوم توبرکلوزيس، تعداد لوکوس DR به صورت قابل ملاحظه اي متفاوت مي باشد. اکثريت سويه هاي مايکوباکتريوم توبرکلوزيس حاوي 1 يا تعداد بيشتري توالي IS6110در ناحيه DRخود مي باشند. بر خلاف DR، توالي هاي فاصله انداز معمولا در هر منطقهDR يک عدد است اما در بعضي مواقع ممکن است دو عدد ديده شود به صورتي که به وسيله يک يا چندين DRو ساير فاصله انداز ها از يکديگر جدا شوند (گوری و همکاران93، 2008).

شکل 1-20 : حذف توالي هاي فاصله انداز، که ممکن است در يک يا چند توالي فاصله انداز باشد.
اين روش بخصوص قادر است سويه هاي کمپلکس مايکوباکتريوم توبرکلوزيس را در نمونه هاي کلينيکي رديابي و تيپ بندي کند. اين روش، افتراق بيشتري نسبت به روشهايي مانندIS6110 – RFLPدرسويه هايي كه تعداد نسخه هاي IS6110 آنها كمتر يا مساوي 5 كپي را دارد. پس مي توان گفت يک روش برتر براي تيپ بندي سويه هاي مايکوباکتريوم بوويس مي باشد زيرا اين سويه ها اغلب حاوي يک يا دو کپي از IS6110 مي باشد .بر اساس تحقيقات تکاملي انجام شده، سه گروه اصلي از مايکوباکتريوم توبرکلوزيس بر پايه پلي مرفيسم مشاهده شده در نوکلئوتيدهاي katG465 و gyrA codon شناسايي شده است. باکتريهاي متعلق به گروه 2و 3 قادر به هيبريداسيون با نوکلئوتيدهاي فاصله انداز 33تا 36 نيستند (میلان،2004؛ گوترز، 2006)94.
1_16_2_2_ VNTR95
فورتینگام 96و همکارانش، لوکوس تکراري پشت سر هم را با بررسي توالي کاسميد هاي توليد شده در کمبريج انگلستان شناسايي کردند. آنها با استفاده از برنامه REPEAT از نوع توالي Wisconsin توالي هاي DNA با طول ≥ 45 جفت باز و تشابهي در حدود ≥95 که حداقل 2 کپي از آنها در طول 200 جفت باز قرار داشته باشد، شناسايي کردند که اين لوکوس ها را توالي هاي تکرار شونده پشت سر هم VNTR ناميدند. اين روش حاوي لوکوس هاي ژنيتکي داراي تعداد متغيرتوالي هاي تکراري پشت سرهم مي باشد که اساس تعيين نقشه ژنتيکي انسان و تعيين هويت را تشکيل مي دهد. تايپينگ سويه هاي مايکوباکتريوم توبرکلوزيس در اين روش براساس PCR ، پلي مورفيسم در لوکوس هاي متفاوت مي باشد که نتيجه آن به صورت يک کد عددي بيان مي شود. در روشVNTR، چندین لوكوس در ژنوم مايکوباکتريوم توبرکلوزيس شناسايي شده است، كه مهمترین انها شامل5لوكوسMPTR ( ,MPTR-A B-MPTR MPTR-D , MPTR-C , E-MPTR , MPTR-F) و 6 لوكوس ETR97 ( ETR-A ETR-E , ETR-D , ETR-C , ETR-B , ETR-F,) مي باشد. محققان در سالهاي اخير نشان دادند که از بين لوکوس های موردنظر،7 لوکوس(MPTR-A ETR-A , ETR-E , ETR-D , ETR-C ETR-B, ETR-F , ) داراي پلي مرفيسم طولي به علت وجود درج شدن98 و يا حذف شدن99 توالي هاي تكرار شونده پشت سرهم مي باشد لوکوس هاي MPTR100 حاوي توالي تکرار شونده 15جفت بازي به همراه يک توالي منفرد محافظت شده مي باشند که بين توالي تکرار شونده مجاور هم، تنوع توالي مشاهده مي شود. هر کدام از لوکوس هاي ETR در ژنوم مايکوباکتريوم توبرکلوزيس حاوي توالي تکرار شونده 79 – 53 جفت باز با توالي DNA مشابه در توالي مجاورشان مي باشند.
A- 74MPTRو A-ETR درطول مناطق کد کننده ژني قرارگرفته انداگر اين مناطق بيان شوند، آن گاه توالي تکراري DNA ، توالي اسيد آمينه را کد مي کند، در صورتيکه تنوع در تعداد اين توالي تکرار شونده منجر به ايجاد پروتئين هايي با اندازه هاي متفاوت مي شود. باقي مانده لوكوس ها، شامل, ETR-C , ETR-D , ETR-B ETR-E و ETR-Fدر نواحي بين ژني قرار دارند. ETR-B در ناحيه پايين دست دو منطقه ژني قرار دارد که داراي تقارن سنجاق سري مي باشد به نحوي که مي تواند به عنوان خاتمه دهنده رونويسي دو جهتي عمل کند. در صورتي که لوکوس هاي قرار گرفته درنواحي بين ژنيETR- F , ETR-E , ETR-D در ناحيه بالا دست منطقه کد کننده ژني قرار دارند. همچنين اين لوکوس ها بعنوان يک تنظيم كننده عمل مي کنند. اين روش سريع، تکرار پذير و نتايج به صورت پروفايل عددي ثبت مي گردد که اين امر امکان تمايز سويه ها را ميسر مي سازد. فروتینگام (1998) اخيرا Fillol و همکارانش نشان دادند که روش VNTR را مي توان براي تمايز سويه هاي مرتبط به هم مايکو باکتريوم توبرکلوزيس بکار برد. زيرا اين روش تايپينگ، تعداد زياد و متنوعي اثر انگشت نگاري DNA را توليد مي کند فیلول101 (2000). روش VNTR با استفاده از لوکوس هاي ETR و MPTR، سريع و تکرار پذير بوده و نتايج به صورت پروفايل عددي ثبت مي گردد. اين روش در زيرگروهاي سويه هاي مايکوباکتريوم توبرکلوزيس که داراي تعداد کم کپي يا يکساني IS6110 را دارا مي باشند بسيار مفيد است. همچنين از کاربردهاي مهم VNTR مي توان به شناسايي VNTR مشترک در بين بيماران مختلف اشاره نمود که اين امر حاکي از انتقال بيماري سل بين جمعيت هاي مختلف مي باشد. VNTR پلي مورفيسم را در7 لوکوس ژنتيکي مستقل ازهم شناسايي مي کند که اين امر براي تايپينگ سويه ها بسيار کمک کننده است.

فصل دوم
مروری بر تحقیقات انجام شده

2-مروری بر تحقیقات انجام شده
2-1- تاریخچه بیماری سل:
با جدا کردن باکتری از اجساد مومیایی، مورخین علوم پزشکی دریافتند که بیماری سل از 4000 سال قبل از میلاد مسیح با انسان همراه بوده است(تصویر2-1). نخستين بار ماهيت بيماري سل، به وسيله ويلمين در سال 1865 شناخته شد. او ثابت كرد كه اين بيماري، مسري بوده و اگر از ضايعات سل انسان به كبك يا خرگوش تزريق گردد، در حيوانات ايجاد بيماري مي‌شود اين بيماري كه اولين بار فساد بافت ناميده شد، بعنوان بيماري مسري در بين اقوام مديترانه در قرن 16 شناخته گردید(111). اگرچه در سال 1720 پزشک انگلیسی بنام بنجامبن مارتین102 مشکوک به انتقال بیماری از طریق هوا شده بود ولی تا سال 1881 که آستین فلینت103 با مدرک آنرا اثبات نمود باور کلی بر غیر مسری بودن بیماری سل بود (راستوگی، 1992).
در قرن 19 بيماري سل به عنوان طاعون سفيد شناخته شد که مسبب مرگ و میر بسياري در اروپا و امريكا بود. چنانچه تخمين ميزان مرگ و مير ناشي از اين بيماري در سال 1830 بسيار بالا بوده است (از هر 000/100 نفر 400 نفر). در سال 1882، اين باكتري بوسيله رابرت كخ كشف گرديد و به همين جهت، آن را باسيل كخ نيز ‌ناميده اند. كخ توانست باكتري را از خلط و ضايعات بيمار به دست آورد و براي اولين بار، اين باكتري را بر روي محيط سرم منعقد شده گاو و گوسفند كشت داد. علاوه بر اين، با تلقيح به حيوان حساس، در حيوان ايجاد بيماري نمود و از حيوان، باكتري اوليه را به دست آورد. این روند امروزه بنام اصول كخ معروف است. جینگ 104 ( (2007با شروع قرن 19، پزشكان دو ابزار مهم جهت تشخيص سل در دست داشتند: 1- تشخيص عامل بيماري زايي به وسيله ميكروسكوپ (رابرت كخ در 1905) 2- اشعه X از سينه. ويليام كونارد در( 1901) امروزه اين دو روش هم چنان ابزارهاي پايه تشخيص سل مي باشند. (بور105، 1999)
از جمله تحقیقات مهم در زمینه سل، کشف ساختار مقاوم به اسید و الکل در این باکتری می‌باشد که امروزه با استفاده از این ویژگی و با کمک رنگآمیزی با روش ذیل نلسون تشخیص این باکتری میسر می‌شود. اساس این رنگ‌آمیزی با مشارکت ارلیش، ذیل و نلسون شکل گرفت. تشخیص افتراقی باسیل سل مرغی در انسان به ترتیب در سال 1889 توسط ریولتا106 و 1890 توسط مافوکی107 انجام گردید. توبرکولین در سال 1891 توسط کخ تهیه شد و بعدها در سال 1902 باسیل سل گاوی توسط اسمیت108 شرح داده شد کالکوت109 2000)).

پایان نامه
Previous Entries منبع مقاله درباره مايكوباكتريوم، الگوي، تكنيك، زيادي Next Entries منبع مقاله درباره افغانستان، کشورهای در حال توسعه، آمریکای لاتین