منابع پایان نامه درمورد اﭘﯽ، MHC، ﺳﻠﻮل، آﻧﺘﯽ

دانلود پایان نامه ارشد

ﻣﻌﺮﻓﯽ ﺷﺪ که دﻗﺖ آن ﺣﺪود ٧٥% اﺳﺖ (198). اﺑﺰار BEPITOPE اپی توپ های پیوسته را ﺑﺮ اﺳﺎس ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻧﻮاﺣﯽ ﭼﺮﺧﺶ ﭘﺮوﺗﺌﯿﻨﯽ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻣﯽ ﮐﻨﺪ(199).
ﭘﺎﯾﮕﺎه PREDITOP ﻧﺴﺒﺖ به BCIPEP که از ﺑﯿﺶ از ٣٠ نمونه از ﻣﻘﺎدﯾﺮ ﻣﻘﯿﺎس ﻣﯿﻞ ذاﺗﯽ اﺳﺘﻔﺎده ﻣﯽ ﮐﻨﺪ ﻧﺴﺨﮫ ﺟﺪﯾﺪﺗﺮی اﺳﺖ. ﺳﺮور BCEPRED اپی توپ های ﺳﻠﻮل B را ﺑﺎ ۵٨.٧% دﻗﺖ ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ ﺗﺮﮐﯿﺒﯽ از ﺧﺼﻮﺻﯿﺎت آﻣﯿﻨﻮاﺳﯿﺪی ﻧﻈﯿﺮ دﺳﺘﺮﺳﯽ، هیدروفیلیسیتی، اﻧﻌﻄﺎف ﭘﺬﯾﺮی، ﺳﻄﺢ در ﻣﻌﺮض و ﻧﻮاﺣﯽ ﭼﺮﺧﺶ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻣﯽ ﮐﻨﺪ (195). آﻧﺎﻟﯿﺰ ﻣﯿﺎﻧﮑﻨﺶ های آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﺑﺎ آﻧﺘﯽ ژن که در ﻧﻮاﺣﯽ اﺗﺼﺎل آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی به آﻧﺘﯽ ژن رخ می دهد به ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ های ﻓﻀﺎﯾﯽ ﺳﻠﻮل B ﮐﻤﮏ ﻣﯽ ﮐﻨﺪ. توجه به اﯾﻦ اﻣﺮ ﺿﺮوری اﺳﺖ که ﯾﮏ ﭘﺎﯾﮕﺎه داده به ﻧﺎم http://202.41.70.51:8080/agabdb2 AGABDB توسعه یافته که ﺑﺮ ﻣﺒﻨﺎی ﻣﯿﺎﻧﮑﻨﺶ های ﻣﻮﻟﮑﻮﻟﯽ ﺳﺎﺧﺘﺎر های Co-crystal آﻧﺘﯽ ژن- آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی ﻋﻤﻞ ﻣﯽ ﮐﻨﺪ (198).
2-20-2-3-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮلB ﺑﺎ اﺳﺘﻔﺎده از روش های ﯾﺎدﮔﯿﺮی ﻣﺎﺷﯿﻦ
ﭼﻨﺪﯾﻦ ﻣﺤﻘﻖ ﺑﺎ اﺳﺘﻔﺎده از اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ ها و اﺑﺰارهای ﯾﺎدﮔﯿﺮی، ﻣﺎﺷﯿﻦ را به جهت ﺑﺎزﯾﺎﺑﯽ ﺧﺼﻮﺻﯿﺎت ﯾﮏ اﭘﯽ ﺗﻮپ از ﻃﺮﯾﻖ ﯾﮏ دسته داده آﻣﻮزﺷﯽ اﺳﺘﻔﺎده ﮐﺮده اﻧﺪ.
ﺑﺮای ﻣﺜﺎل Saha و Raghava از ﻣﺪل شبکه های ﻋﺼﺒﯽ ﻣﺼﻨﻮﻋﯽ artificial neural networks (ANNs) در ﺳﺮور ABCPRED و Sweredoski و Baldi ﭘﺎﯾﮕﺎه COBEPRO را ارائه ﮐﺮدﻧﺪ که از ﯾﮏ support vector machine (SVM) اﺳﺘﻔﺎده ﻣﯽ ﮐﻨﺪ (187). ﺑﺪﯾﻦ ﻣﻌﻨﯽ که Saha و Raghava از روش های ﺛﺒﺎت ﭘﯿﺸﺨﻮردی و شبکه های ﻋﺼﺒﯽ ﺗﮑﺮاری جهت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ های ﺳﻠﻮل B اﺳﺘﻔﺎده ﮐﺮدﻧﺪ. آن ها ٧٠٠ اپی توپ های ﺳﻠﻮل B و به همین ﻣﯿﺰان ﭘﭙﺘﯿﺪ های ﻏﯿﺮ اﭘﯽ ﺗﻮﭘﯽ را از ﭘﺎﯾﮕﺎه داده SWISSPROT ﺑﺮای آﻣﻮزش و آزﻣﻮن ﺑﺮداﺷﺘﻨﺪ. همچنین COBEPRO از ﯾﮏ ﺳﯿﺴﺘﻢ دو مرحله ای ﺑﺮای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ های پیوسته ﺳﻠﻮل B اﺳﺘﻔﺎده ﻣﯽ ﮐﻨﺪ (187).
ﭘﺎﯾﮕﺎه COBEPRO ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ را قطعه قطعه ﮐﺮده و ﺳﭙﺲ ﯾﮏ اﻣﺘﯿﺎز ﻣﯿﻞ ذاﺗﯽ به هر قطعه جهت اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺑﻮدن ﺑﺎ اﺳﺘﻔﺎده از ﯾﮏ SVM ﻣﯽ دهد. در ﺣﺎل ﺣﺎﺿﺮ COBEPRO ﺑﺎ ﭘﺎﯾﮕﺎه SCARTCH (http://scratch.proteomics.ics.uci.edu) ﯾﮑﭙﺎرچه ﺷﺪه اﺳﺖ. به هر ﺣﺎل COBEPRO را ﻧﻤﯽ ﺗﻮان جهت ﺗﻤﺎﯾﺰ آﻧﺘﯽ ژن از ﻏﯿﺮ آﻧﺘﯽ اﺳﺘﻔﺎده ﮐﺮد. اﯾﻦ ﺳﺮور ﺑﺎﯾﺪ ﺑﺎ ﺗﮑﻨﻮﻟﻮژی های ﺑﺎ ﺑﺮون ده ﺑﺎﻻ اﺳﺘﻔﺎده ﺷﻮد ﺗﺎ اﺛﺮﺑﺨﺸﯽ آن اﻓﺰاﯾﺶ ﯾﺎﺑﺪ (187).
Larsen و همکاران(BEPIPRED) http://www.cbs.dtu.dk/services/BepiPred را ﻣﻌﺮﻓﯽ نمودﻧﺪ (188) . آن ها سه دسته داده از اپی توپ هایﺧﻄﯽ ﺳﻠﻮل B ﻣﺴﺘﺨﺮج از ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ های ﺷﺮح ﻧﻮﯾﺴﯽ ﺷﺪه از ﻣﻘﺎﻻت ، ﭘﺎﯾﮕﺎه داده ANTIJEN و ﭘﺎﯾﮕﺎه داده LosAlamos به ﻧﺸﺎﻧﯽ (http://www.hiv.lanl.gov) ﺳﺎﺧﺘﻨﺪ (188).
2-20-2-4-روش ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﻏﯿﺮ پیوسته ﺳﻠﻮل B
همانطور که ﭘﯿﺸﺘﺮ گفته ﺷﺪ ﺑﯿﺶ از ٩٠ % از اپی توپ هایﺳﻠﻮل B ﻏﯿﺮ پیوسته هستند، که اﯾﻦ اﻣﺮ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ های ﻓﻀﺎﯾﯽ ﺳﻠﻮل B را ﺑﯿﺸﺘﺮ ﺑﺎ اهمیتﻣﯽ ﮐﻨﺪ. در واﻗﻊ ﯾﮏ ﻧﻮع وﯾﮋه ای از ﻣﯿﺎﻧﮑﻨﺶ های ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ- ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ در اﯾﻦ اپی توپ ها وﺟﻮد دارد و ﺗﻐﯿﯿﺮ در ﺗﺎﺧﻮردﮔﯽ ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ ﻣﻤﮑﻦ اﺳﺖ ﻣﻨﺠﺮ به ﺗﻐﯿﯿﺮ ﺗﻌﺪاد اپی توپ ها ﺷﻮد (193). ﺗﺸﺨﯿﺺ و ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B اﺳﺎﺳﺎ وابسته به ﺳﺎﺧﺘﺎر ﻓﻀﺎﯾﯽ اﺳﺖ از اﯾﻦ رو ﭘﯿﭽﯿﺪﮔﯽ های ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ در ﻣﻘﺎیسه ﺑﺎ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺑﺮای ﺳﻠﻮل T ﺑﯿﺸﺘﺮ اﺳﺖ. دﻗﯿﻖ ﺗﺮﯾﻦ روش جهت ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ اپی توپ های ﺳﻠﻮل B، ﮐﺮﯾﺴﺘﺎﻟﻮﮔﺮاﻓﯽ اﯾﮑﺲ اﺳﺖ. ﺑﺮای نمونه اوﻟﯿﻦ ﺳﺮور ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪه اپی توپ هایﺧﻄﯽ و ﻓﻀﺎﯾﯽ به ﻧﺎم CEP (CEP web interface) در ﺳﺎل ٢٠٠۵ ﻣﻌﺮﻓﯽ ﮔﺮدﯾﺪ(191). اﯾﻦ نرم افزار جهت ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﺷﺎﺧﺺ های آﻧﺘﯽ ژﻧﯿﮏ ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ ذات 3D ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ آﻧﺘﯽ ژﻧﺘﯿﮏ از ﻣﻌﯿﺎر های ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ ﺳﺎﺧﺘﺎر، دﺳﺘﺮﺳﯽ آﻣﯿﻨﻮاﺳﯿﺪها به ﺣﻼﻟﯽ که در آن ﺣﻞ ﺷﺪه اﻧﺪ و آﺳﺘانه ای ﺑﺮای ﻣﯿﺰان فاصله ﻓﻀﺎﯾﯽ اﺳﺘﻔﺎده ﻣﯽ ﮐﻨﺪ. دﺳﺘﺮﺳﯽ ﻣﺤﺪود اﯾﻦ ﺳﺮور به ﺳﺎﺧﺘﺎرهای سه ﺑﻌﺪی آﻧﺘﯽ ژن های ﭘﺮوﺗﺌﯿﻨﯽ، ﮐﺎرﺑﺮد آن را ﮐﻢ ﮐﺮده اﺳﺖ. به دﻧﺒﺎل آن Bublil و همکاران، MAPITOPE را جهت نقشه ﯾﺎﺑﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮل B توسعه دادﻧﺪ (193). ﻓﺮضیه که در ﭘﺲ MAPITOPE نهفته اﺳﺖ اﯾﻦ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ که ﺳﺎده ﺗﺮﯾﻦ قطعه ﻣﻌﻨﯽ دار ﯾﮏ اﭘﯽ ﺗﻮپ، ﯾﮏ ﺟﻔﺖ آﻣﯿﻨﻮ اﺳﯿﺪ از توالی هاﯾﯽ اﺳﺖ که درون اﭘﯽ ﺗﻮپ ﻗﺮار گرفته و ﺣﺎﺻﻞ ﺗﺎﺧﻮردﮔﯽ اﻧﺪ (193).
Sollner و همکاران ﯾﮏ روش محاسبه ای ارائه ﮐﺮده اﻧﺪ که به ﻃﻮر ﺧﻮدﮐﺎر ﭘﭙﺘﯿﺪها را جهت شبیه ﺳﺎزی اﺗﺼﺎل به آﻧﺘﯽ ﺑﺎدی اﻧﺘﺨﺎب و اﻣﺘﯿﺎز دهی ﻣﯽ ﮐﻨﺪ (200). آن ها همبستگی ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺳﻠﻮل B را ﺑﺎ ﺗﻐﯿﯿﺮ ﭘﺬﯾﺮی آﻧﺘﯽ ژن و اﻟﮕﻮهای ﻣﺤﺎﻓﻈﺖ ﺷﺪﮔﯽ ﺑﺮای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﺗﻐﯿﯿﺮات ﭘﺲ از ترجمه ﺑﺮرﺳﯽ ﮐﺮدﻧﺪ و ﻣﺘﻮجه آﻧﺘﯽ ژﻧﺴﯿﺘﯽ ﺑﺎﻻ، ﺗﻐﯿﯿﺮ ﭘﺬﯾﺮی ﭘﺎﺋﯿﻦ و اﺣﺘﻤﺎل ﮐﻤﺘﺮ ﺗﻐﯿﯿﺮات ﭘﺲ از ترجمه در ﻧﻮاﺣﯽ ﻣﺮﺗﺒﻂ ﺑﺎ ﻓﻌﺎﻟﯿﺖ زﯾﺴﺘﯽ ﺷﺪﻧﺪ. ﺑﺎ ﻣﻘﺎیسه و هم ﺗﺮاز ﮐﺮدن روش های ذﮐﺮ ﺷﺪه، ﻋﻤﻠﮑﺮد بهتر SEPPA که در ﺳﺎل ٢٠٠٩ ارائه ﮔﺮدﯾﺪ، ﺣﺎﺻﻞ ﻣﯽ ﺷﻮد(190). در ﻃﺮح رﯾﺰی اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های آن ﻓﺎﮐﺘﻮرهای ﻓﻀﺎﯾﯽ ﺑﯿﺸﺘﺮی ﻣﻮرد توجهﻗﺮار گرفته اﺳﺖ (ﻧﻈﯿﺮ وﺟﻮد وﯾﮋﮔﯽ های ﺗﻮﭘﻮﻟﻮژﯾﮑﯽ و ﻣﻌﯿﺎرهای-residue triangleunits). ﺑﺮ اﺳﺎس اﯾﻦ ﻣﻄﺎﻟﻌﺎت ،EPSVR و EPMeta توسعه ﯾﺎﻓﺘﻨﺪ. EPSVR اوﻟﯿﻦ اﺑﺰاری اﺳﺖ که از روش Support Vector Regression (SVR) جهت ﯾﮑﭙﺎرچه ﺳﺎزی ﺷﺶ روش اﻣﺘﯿﺎزدهی اﺳﺘﻔﺎده ﮐﺮده اﺳﺖ. به ﻋﻼوه، ﺑﺎ ﭘﻨﺞ ﺳﺮور ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺗﺮﮐﯿﺐ ﺷﺪه ﺗﺎ EPMeta را ﺑﺴﺎزد (197).
ﺟﺪول 2- 6 : ﻣﻨﺎﺑﻊ ﻣﻮﺟﻮد جهتﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ هایﺳﻠﻮلB (184،193)

2-20-2-5-ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اپی توپ های ﺳﻠﻮل T
اپی توپ های ﺳﻠﻮل T ﻣﻌﻤﻮﻻ به ﻃﻮر ﻏﯿﺮ ﻣﺴﺘﻘﯿﻢ به واسطه ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﻋﻨﺎﺻﺮ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه به MHC ﮐﻼس I و II ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻣﯽ ﺷﻮﻧﺪ. از اﯾﻦ رو ﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ ﭘﭙﺘﯿﺪهای ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه به MHC ﺑﺨﺸﯽ اﺳﺎﺳﯽ را در ﺗﻤﺎم اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢ های ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪه اپی توپ های سلول های T را ﺗﺸﮑﯿﻞ ﻣﯽ دهد. در ﮐﻞ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺑﺮای ﺳﻠﻮل T ﺑﺴﯿﺎر ﺳﺎده ﺗﺮ از ﺳﻠﻮل B ﺑﻮده و اﺑﺰارهاﯾﯽ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪه اپی توپ های آن ﻧﯿﺰ ﻗﺪﻣﺖ ﺑﯿﺸﺘﺮی دارﻧﺪ (185). روش ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﺑﺮای MHC ﮐﻼس I و II ﺑﺎ ﯾﮑﺪﯾﮕﺮ ﻣﺘﻔﺎوت اﺳﺖ ﺑﺪﯾﻦ ﺳﺒﺐ که ﺷﯿﺎر اﺗﺼﺎﻟﯽ MHC ﮐﻼس I بسته اﺳﺖ، در ﺣﺎلیکه ﺷﯿﺎر اﺗﺼﺎﻟﯽ MHC ﮐﻼس II از هر دو ﺳﻮ ﺑﺎز اﺳﺖ که اﯾﻦ اﻣﺮ ﺳﺎزﮔﺎر ﺑﺎ ﭘﭙﺘﯿﺪ های ﺑﺎ ﻃﻮل ﻣﺘﻨﻮع (ﻋﻤﻮﻣﺎ ١٣ ﺗﺎ ٢٥آﻣﯿﻨﻮاﺳﯿﺪ) ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. همچنین ﻧﺘﺎﯾﺞ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻋﻨﺎﺻﺮ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه به MHC ﮐﻼس II ﺑﺎ دﻗﺖ و ﺻﺤﺖ ﺑﺴﯿﺎر ﮐﻤﺘﺮی از MHC ﮐﻼس I اﻧﺠﺎم ﻣﯽ ﺷﻮد. ﻧﺮم اﻓﺰارهای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪه MHC ﮐﻼس I و II دارای دﻗﺖ و درﺳﺘﯽ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻗﺎﺑﻞ ﺗﺤﺴﯿﻦ ﺑﯿﻦ ٩٠-٧٠ % ﺑﺮای ﻋﻨﺎﺻﺮ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه و ٨٠-٤٠% ﺑﺮای ﻋﻨﺎﺻﺮ ﻏﯿﺮ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه ﺑﺎ داﻣنه ﻣﺤﺪودی از ﭘﻮﺷﺶ آﻟﻠﯽ MHC و ﻃﻮل ﭘﭙﺘﯿﺪی ﺛﺎﺑﺖ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ(١84). در ﮐﻞ اﺑﺰارهاﯾﯽ که به ﻃﻮر اﺧﺘﺼﺎﺻﯽ ﻋﻨﺎﺻﺮ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه به MHC ﮐﻼس II را ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻣﯽ ﮐﻨﻨﺪ به ﻧﺴﺒﺖ MHC ﮐﻼس I ﺑﺴﯿﺎر ﮐﻤﺘﺮ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ و اﯾﻦ اﻣﺮ به ﺳﺒﺐ ﺧﺼﻮﺻﯿﺎﺗﯽ ذاﺗﯽ ﻓﯿﺰﯾﮑﯽ وﺷﯿﻤﯿﺎﯾﯽ ﻣﻮﻟﮑﻮل MHC ﮐﻼس II اﺳﺖ به ﻋﻨﻮان نمونه ﻣﯽ ﺗﻮان از اﺑﺰارهای MHC2Pred ،IEDB MHC II ،MHC-THREAD ،EpiDirect و ProPred ﻧﺎم ﺑﺮد. ﻣﺜﻼ در ﭘﺎﯾﮕﺎهMHC IIIEDB ﯾﮏ فهرست از چهار روش ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﺑﺎ ﻧﺎم های روش ﺗﻮاﻟﯽ ﻣﻮرد ﺗﻮاﻓﻖ ، ﻣﯿﺎﻧﮕﯿﻦ ﻧﺴﺒﯽ اﺗﺼﺎل ﯾﺎ ARB ،SMM ، (relative binding average ) و Sturniolo وﺟﻮد دارد (188). به ﻃﻮر ﭘﯿﺶ ﻓﺮض بهترﯾﻦ روش در ﺑﯿﻦ اﯾﻦ روش ها در ﻧﻈﺮ گرفته ﺷﺪه اﺳﺖ. اﺑﺰارهاﯾﯽ که ﺑﺮای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﻋﻨﺎﺻﺮ ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪه به هر دوی MHC ﮐﻼس I و II ﻗﺎﺑﻞ اﺳﺘﻔﺎده هستند ﻣﻌﻤﻮﻻ ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ روش های هیبریدی ﻣﯽ ﺑﺎﺷﻨﺪ ﯾﺎ این که ﭼﻨﺪﯾﻦ روش را ﺑﺎ هم ﯾﮑﭙﺎرچه ﮐﺮده اﻧﺪ. از اﯾﻦ ﻧﻮع اﺑﺰارهای ﻣﯽ ﺗﻮان به AntiBP ،ARB Matrix ،SVMHC ،RANKPEP و EpiVaxb اﺷﺎره کرد. روش هایی جهت پیشگویی ﭘﭙﺘﯿﺪ های ﻣﺘﺼﻞ ﺷﻮﻧﺪ به MHC کلاس I وII وﺟﻮد دارد که هر ﮐﺪام ﺑﺮ ﻣﺒﻨﺎی ﻓﺮﺿیه ای متفاوت بنیان نهاده شده اند (185).
2-20-3- ﮐﺎرﺑﺮدهای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ
ﭘﯿﺎﻣﺪ ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ در ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﺳﻼﻣﺖ ﻋﻤﻮﻣﯽ و ﭘﺎیه ای ﺑﺴﯿﺎر وﺳﯿﻊ اﺳﺖ و در ﺑﺴﯿﺎری از ﺗﺤﻘﯿﻘﺎت ﻣﺮﺗﺒﻂ ﺑﺎ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﻧﻈﯿﺮ ﮐﺸﻒ ﭘﭙﺘﯿﺪ های ﺑﺮﮔﺰﯾﺪه جهت واﮐﺴﻦ های زﯾﺮ واﺣﺪی(Subunit vaccines)، مطالعه ﺑﯿﻤﺎری هایﺧﻮد اﯾﻤﻦ، درﻣﺎن اﻟﺮژی، مطالعه ﺳﺎﺧﺘﺎر ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ، ﻃﺮاﺣﯽ های ﺗﺠﺮﺑﯽ و ﻏﯿﺮه ﻣﻔﯿﺪ ﻣﯽ ﺑﺎﺷﺪ. توسعه روش ها و ﻧﺮم اﻓﺰارهای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ جهتﺷﻨﺎﺳﺎﯾﯽ و نقشه ﯾﺎﺑﯽ ﭘﺘﺎﻧﺴﯿﻞ اپی توپ ها در ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ آﻧﺘﯽ ژن جهت ﻣﺒﺎرزه ﺗﻤﺎم ﻋﯿﺎر ﺳﯿﺴﺘﻢ اﯾﻤﻨﯽ ﺑﺎ ﺑﯿﻤﺎری های ﻋﻔﻮﻧﯽ اﻣﺮی ﺣﯿﺎﺗﯽ اﺳﺖ. توسعه داروها ﯾﮑﯽ از ﻣﺴﺎﺋﻞ اﺻﻠﯽ و اﻧﮕﯿﺰه های اﺻﻠﯽ جهتﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ اﺳﺖ. اﯾﻤﻦ ﺳﺎزی های ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ اﭘﯽ ﺗﻮپ، ﻧﺘﺎﯾﺞ ﭼﺸﻤﮕﯿﺮی در ﺣﯿﻮاﻧﺎت ﻣﺪل در آزﻣﻮن های ﺑﺎﻟﯿﻨﯽ ﻧﺸﺎن داده و واﺟﺪ ﺧﺼﻮﺻﯿﺎت ﭘﯿﺸﮕﯿﺮانه، درﻣﺎﻧﯽ و ﻣﺤﺎﻓﻈﺘﯽ ﺑﻮده اﻧﺪ (184). ﻟﺬا اﯾﻦ واﮐﺴن ﺑﺮای ﺑﯿﻤﺎری های مهم ﻧﻈﯿﺮ HCV ، HIV/AIDS و ﺳﺎﯾﺮ ﺑﯿﻤﺎری های ﻋﻔﻮﻧﯽ و ﺳﺮﻃﺎﻧﯽ ﺗﻮﻟﯿﺪ ﺷﺪه اﻧﺪ. البته در اﯾﻦ ﻣﯿﺎن ﻧﮕﺮاﻧﯽ هاﯾﯽ ﻧﯿﺰ از ﺑﺎﺑﺖ اﻣﻨﯿﺖ و ﺣﯿطه ﻋﻠﻤﯽ ﻣﻮرد اﺳﺘﻔﺎده از اﯾﻦ اﺑﺰارها وﺟﻮد دارد. زﯾﺮا که اﺑﺰارهای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪه اﭘﯽ ﺗﻮپ ﻣﻤﮑﻦ اﺳﺖ ﻣﻮرد ﺳﻮء اﺳﺘﻔﺎده ﺗﻮﺳﻂ ﺗﺮورﯾﺴﺖ ها جهت ﺳﺎﺧﺖ ﺳﻼح های ﺑﯿﻮﺷﯿﻤﯿﺎﯾﯽ و ﺗﺴﺮﯾﻊ ﺗﮑﺎﻣﻞ و جهش ﭘﺎﺗﻮژن ﻗﺮار ﮔﯿﺮﻧﺪ. همچنین در ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ اﭘﯽ ﺗﻮپ ﺗﻤﺎﯾﻼت ﺷﺨﺼﯽ اﻓﺮاد ﻧﯿﺰ در مرحله اﻧﺘﺨﺎب ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦ جهتﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ، ﻣﺤﺪود ﺳﺎزی داﯾﺮه ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ و همچنین اﺳﺘﻔﺎده از اﺑﺰارهای ﭘﯿﺸﮕﻮﯾﯽ ﮐﻨﻨﺪه ﻣﺒﺘﻨﯽ ﺑﺮ ﻋﻤﻠﮑﺮد ﺧﺎص که ﻣﺤﻘﻖ ﺳﻌﯽ ﻣﯽ ﮐﻨﺪ آن را ﺗﺮوﯾﺞ دهد، وﺟﻮد دارد (198).
2-21-واکسن همگانی (Universal vaccine)
در واکسن همگانی هدف این است که با استفاده از یک سری اپی توپ های Conserved بتوان پاسخ ایمنی را بر ضد ویروس اصلی، زیر نوع های آن ویروس و استرین های جدید از این ویروس القاء نمود که به جامعیتی کلی منتهی شود (201).
آنتی بادی ها و یا پاسخ ایمنی ضد نواحی نسبتاً ثابت پروتئین های سطحی ویروس ها موجب القاء پاسخ محافظتی، حتی نسبت به گونه های نزدیک می گردد که به این فرایند Hetero or Heterosubtypic immunity اطلاق می گردد. در بررسی های انجام شده بر روی واکسن های انسانی مشخص گردید که در چنین فرایندی می توان محافظت گسترده ای (Brod protective) بر ضد ویروس مورد نظر در جمعیت ایجاد نمود (201).
2-22- واكسن سازی معكوس Reverse Vaccinology
مفهوم Reverse vaccinology  یا واكسن سازی معكوس به فرآیندی برمیگردد كه طی آن ابتدا فاكتورهای ویرولانس و اپی توپ های اصلی پاتوژن كه قدرت ایمنی زایی دارند به عنوان كاندید واكسن معرفی می شوند و سپس از نظر عملكرد سیستم ایمنی و ایمنی زائی مورد مطالعه قرار می گیرند. این پروسه در پی پیشرفت های وسیعی كه اخیرا صورت گرفته است ممكن می نماید بدین ترتیب كه ابتدا بایستی تمام توالی ژنومی پاتوژن مورد نظر سكانس شود سپس توسط نرم افزارهای كامپیوتری ژن های كد شونده و مهم مورد شناسائی قرار می گیرند و تعداد زیادی كاندید های مناسب برای تولید واكسن معرفی می شود. پروتئین های مذكور تمامی كلون شده و پروتئین های نوتركیب تولید و در حیوان آزمایشگاهی از نظر میزان ایمنی زائی مورد بررسی قرار می گیرند. پایه این روش شناسائی اپی توپ های حیاتی و اساسی پاتوژن می باشد كه می تواند پاسخ دلخواه ایمونولوژیك مدنظر ما را ایجاد نماید. امروزه حجم وسیعی از اطلاعات برگرفته از سكانس پروتئینی، ساختار RNA، فانكشنال ژنومیك و پروتئومیك تمامی یاری رسان نتایج بهتر برای تولید واكسن های دلخواه هستند (202).
حتی شناسائی اپی توپ های پیوسته و غیر پیوسته، اپی توپ های مقلد و پیچش های نهائی پروتئین در محیط نیز مد نظر قرار گرفته و مورد پیش بینی قرار می گیرد. شناسائی نواحی متصل شونده به MHC نیز در این میان حائز اهمیت می باشد. در حال حاضر مطالعات فراوانی از این دست درحال اقدام می باشد بلاخص مطالعات بر روی مننگوكوك های گروه B كه باعث تولید واكسنی درخور در این جهت شده است. و یا درحال حاضر یكی از بزرگترین مطالعات تاریخ واكسن سازی برای تولید واكسنی مناسب برای مایكوباكتریوم توبركلوزیس در حال انجام است.  مطالعاتی برای تولید واكسن برای سیفلیس، مالاریا، كلامیدیا، پنوموكوك، استرپتوكوك ها، پسودوموناس، بورلیا، ریكتزیا و بارتونلا در حال انجام است.از برگترین مشكلات این روش این است كه ساختارهای پلی

پایان نامه
Previous Entries پایان نامه با واژگان کلیدی امرؤالقیس، آرمان گرایی، وجود خارجی، عصر جاهلی Next Entries پایان نامه با واژگان کلیدی عصر جاهلی، نشاط و پویایی، اختلافات سیاسی، اجتماعی و فرهنگی