بودند كه سازمان‌هاي خود را داراي اهداف ديگري معرفي كنند ولي مراحل ثبت قانوني آن به شكل ديگري باشد. (شعبانی :50)
از سوي ديگر قانونگذار ايران فعاليت سازمان‌هاي غيردولتي را منوط به ثبت آنها در مراجع رسمي اعلام مي‌نمايد و به نظارت كامل براين سازمان‌ها حتي از زمان تأسيس قايل شده است. تعدد رويه‌هاي جاري در خصوص ثبت اين سازمان‌ها مشكل ديگري است. مراجع رسمي مدعي ثبت سازمان‌هاي غيردولتي در ايران را مي‌توان بيش از پنج سازمان دانست: سازمان ثبت، وزارت كشور، وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامي، نيروي انتظامي، وزارت صنايع و… كه سازمان‌هاي غيردولتي ملزم مي‌باشند تا با مراجعه به آنها و انجام روال‌هاي اداري طولاني مدت به ناچار اقدام به ثبت خود نمايند. (گودرزی : 1390 :50)
بعلاوه طبق اصل 26 قانون اساسي تنها اقليت‌هاي ديني شناخته شده مي‌توانند داراي انجمن و جمعيت باشند. به غير از سه اقليت ديني شناخته شده يعني: زرتشتي، كليمي و مسيحي بقية گرايش‌هاي ديني و اعتقادي را قانون اساسي به عنوان دين نمي‌شناسند و بنابراين اين ترتيبي هم براي حفظ هويت آنها پيش بيني نكرده است. (مهرپرور : 189) بدليل پيچيدگي‌هاي فوق، بسياري از سازمان‌هاي غيردولتي و سازمان‌هاي اجتماعي قادر به ثبت جوامع و انجمن‌هاي خود نزد نهادهاي دولتي نبوده‌اند. تعداد زيادي از آنها بدون اينكه ثبت شده باشند فعاليت مي‌كنند. بسياري از آنها با موانع جدي روبرو مي‌شوند چرا كه رسماً مورد شناسايي قرار نگرفته‌اند. (namazi,p:31)
3-5-2-4 مانع اقتصادی
جمعيت جوان كشور، بالا بودن نرخ بيكاري و افزايش مشكلات اقتصادي مردم در كنار حاكم شدن روحيه تجمل پرستي در جامعه باعث شده است تا بخش عمده فعاليت‌هاي اجتماعي در فعاليت‌هاي اقتصادي سودآور متمركز گردد. آنهم نه فعاليت‌هاي ريشه‌اي و بلند مدت بلكه فعاليت‌هاي كاذب و سطحي. بعلاوه وابستگي جامعه ايران به دولت به دليل اقتدار دولت ناشي از درآمد نفت باعث شده است تا مردم و بخش خصوصي نقش مهمي را در عرصه فعاليت‌هاي اقتصادي ايفا نكنند. به اين دلايل، سازمان‌هاي غيردولتي در ايران جايگاه مردمي ندارند و ضرورت براي تشكيل جامعه مدني و سازمان‌هاي غيردولتي از طرف مردم جامعه ما هنوز احساس نشده است. (محمدی:50)
از سوي ديگر در شرايطي كه فقر دامنگير قشر وسيعي از جامعه است، گروه‌هاي واقعي مدني به دليل فقدان امكانات لازم مجال ظهور و فعاليت نخواهند يافت و معمولاً برخي از گروه‌ها با وابستگي خاصي كه از جانب قدرت‌هاي سياسي در داخل يا خارج از كشور تغذيه مي‌شوند و از «« امكانات گزينشي»» برخوردارند ميدان دار عرصه خواهند بود. بدين دليل شكاف‌هاي اجتماعي عميق‌تري در جامعه ايجاد مي‌شود. (مرکز پژوهش های مجلس : پیشین :6)
3-5-3 موانع شکلی
3-5-3-1 موانع درونی
اصولاً سازمان‌هاي غيردولتي همانند ساير جلوه‌هاي تمدن جديد همچون هنر و سياست و فلسفه، علم در ايران روند طبيعي تشكيل را طي نكرده‌اند. يعني به دليل وارداتي بودن، به همراه شكل‌گيري آنها فرهنگ، دانش، اخلاق و ساختار متناسب با آن شكل نگرفته است. آنچه كه از فرهنگ ايراني نشأت گرفته است سازمان‌هاي اجتماعي يا محلي بوده‌اند كه با توجه به تغيير شرايط اجتماعي قادر به پاسخگويي به نيازهاي نوين نمي‌باشند. با اين حال برخي از شرايط حاكم بر اين سازمان‌هاي اجتماعي و محلي به درون سازمان‌هاي غيردولتي رخنه كرده‌اند و اين امر موجب بروز مشكلاتي جدي سازمان‌هاي غيردولتي شده كه كارايي و اثر بخشي آنها را تنزل داده است.در ذيل به برخي از عمده‌ترين اين مشكلات اشاره مي‌شود:
الف – کلی بودن و مبهم بودن اهداف و وظایف
كلي بودن اهداف و وظايف يكي از مسائلي است كه در اساسنامه اكثر سازمان‌هاي غيردولتي در ايران قابل مشاهده است. به نظر مي‌رسد با بررسي اهداف مندرج در اساسنامه سازمان غيردولتي بتوان به معياري مطمئن براي ارزيابي ميزان تعهد سازمان نسبت به انجام فعاليت‌ها دست يافت. هر چند در برخي از موارد بيان اهداف و وظايف به صورت كلي براي احتراز از سخت‌گيريهاي نهادهاي دولتي در اعطاي مجوز صورت مي‌پذيرد؛ با اين حال هر چقدر كه اهداف و وظايف جنبه شعاري بيشتري داشته باشند ظاهراً تعهد سازمان مربوطه نسبت به انجام دادن فعاليت‌هاي عملي و مؤثر كمتر است. سازمان‌هاي غيردولتي عموماً تعريفي شفاف از مفاهيمي همچون اهداف، راهبرد‌ها، ساختار سازماني و برنامه‌هاي عملياتي ندارند و فعاليت‌هاي آنها عمدتاً به شكل سنتي و در جهت ارضاي نيازهايي كه بصورت روزمره مطرح مي‌گردند انجام مي‌پذيرند.
انسان‌ها در بسياري از موارد به چيزهايي كه مي‌گويند باور ندارند. (راسخ :224) اين مسئله در مورد سازمان‌هاي غيردولتي نيز صادق است. در خيلي از موقعيت‌ها شعارهاي زيبا براي كسب يك موقعيت، دريافت يك وام دولتي و يا اينكه حتي براي ارضاي نيازهاي دروني و روحي صورت مي‌پذيرد و هيچ گونه تعهدي نسبت به عملي كردن آن شعارها وجود ندارد.
ب- ضعف مدیریت
بسياري از سازمان‌هاي غيردولتي از ضعف مديريت رنج مي‌برند. اين مشكل در سازمان‌هاي مختلف به اشكال متعددي بروز پيدا مي‌كند. بسياري از مديران موسسات يك نگاه كاسب كارانه به سازمان‌هاي غيردولتي دارند. (محمدی : پیشین :53) و به كار گروهي اعتقاد ندارند. اين نوع نگاه در كوتاه مدت باعث ضعف عملكرد سازمان و در بلند مدت موجب انحراف سازمان از اهدافي مي‌گردد كه سازمان براي خود تعيين كرده است. در بسياري از سازمان‌ها مديران و مؤسسان سازمان در دسترس نیستند و برقراري تماس و ارتباط با آنها مشكل است. اگر اين مسئله را نيز مورد توجه قرار دهيم كه خيلي از سازمان‌ها دچار نخبه گرايي هستند و فعاليت‌هاي آنها قائم شخص مي‌باشد؛ اهميت موضوع فوق روشن‌تر مي‌گردد. به علاوه اين موضوع موجب مي‌گردد تا در صورت كناره‌گيري مؤسسان از فعاليت در سازمان يا ورود آنها به ساير عرصه‌هاي اجتماعي فعاليت سازمان دچار اختلال و يا حتي توقف روبه رو گردد.
به عنوان مثال يكي از سازمان‌هاي غيردولتي فعال دربلغارستان،سازمان«Ecoglasnost » بودكه نقش عمده‌اي در مردم سالار ساختن اين كشور برعهده داشت. پس از آن بسياري از فعالان اين جنبش وارد عرصه سياست شدند و اكنون عضو ائتلاف حاكم هستند و اين جنبش از هم پاشيده است. لذا ممكن است سازمان‌هاي غيردوولتي درست در زماني كه انتظار مي‌رود شروع حاكميت مردم سالار به آنها نيروي بيشتري ببخشد با تنزل قوا مواجه شوند.
اين بدان معناست كه يكي از مهم‌ترين چالش‌هاي روي سازمان‌هاي جامعه مدني در چنين دوره‌هايي، يافتن و معرفي طبقات جديد رهبري براي جايگزين كردن نيروهايي است كه وارد ساير عرصه‌ها شده‌اند. اگر سازمان‌هاي غيردولتي نتوانند خانه خودش را منظم حفظ كند چگونه مي‌تواند انتظار داشته باشد دولتي كه سازمان مربوطه سعي در تأثيرگذاري بر آن را دارد بهتر عمل كند؟
اين مسئله‌اي است كه « انجمن حمايت از حقوق كودكان » با اعطاي جايزه صلح نوبل به خانم شيرين عبادي كه از مؤسسين اين انجمن بود با آن روبرو شد. هرچند انجمن به دليل برخورداري از ساختار مردم سالار و با بهره‌گيري از نيروهاي با انگيره و فعال خود توانست از اين موضوع به عنوان فرصتي براي تقويت ارتباطات بين‌المللي خود سود ببرد. همچنين انتخاب خانم « معصومه ابتكار» ـ كه از فعالان سازمان‌هاي غيردولتي زيست محيطي ـ به رياست سازمان حفاظت از محيط زيست موجب تقويت سازمان‌هاي غيردولتي و بهبود ارتباط اين سازمان‌ها با سازمان مربوطه گرديد.
پ- فقدان اعتبار و نداشتن پایگاه اجتماعی
برخي از سازمان هاي غیر دولتي از اعتبار كافي براي انجام فعاليت در حوزه‌هايي كه براي خود تعيين كرده‌اند برخوردار نيستند و نوع شعارها با توان سازمان تناسب چنداني ندارد. بعلاوه نداشتن پايگاه اجتماعي در ميان مردم موجب عدم استقبال از فعاليت سازمان و در نتيجه افت كارايي اين سازمان‌ها مي‌گردد.
از سوي ديگر بسياري از سازمان‌هاي غيردولتي با جوامع هدف خود بويژه فقرا و محرومان از ارتباط و وابستگي كافي برخوردار نيستند. اين امر از يك سو موجب بيگانگي سازمان با جوامع هدف و نيارهاي مربوطه و از سوي ديگر موجب بيگانگي جوامع مذكور با سازمان مورد نظر و در نتيجه عدم استقبال كافي از فعاليت‌هاي سازمان مي‌گردد
ت- فقدان تخصص و مهارت های حرفه ای
بسياري از سازمان‌هاي غيردولتي از تخصص كافي براي فعاليت در حوزه‌هاي مورد نظر خود و يا تخصص‌هاي لازم براي انجام كار گروهي و سازمان برخوردار نيستند. بهره‌گيري از علوم جديد به طور مناسب انجام نمي‌پذيرد. استفاده از اينترنت محدود است. بسياري از سازمان‌ها از سايت اينترنتي برخوردار نيستند؛ سازمان‌هايي هم كه داراي سايت هستند استفاده كافي و مناسب از امكانات آن به عمل نمي‌آورند. ارتباطات اين سازمان‌ها هنوز با استفاده از روش‌هاي سنتي صورت مي‌پذيرد. دانش كارجمعي در اين سازمان‌ها وجود ندارد و بسياري از فعاليت‌ها براساس تجربه و آزمون و خطا انجام مي‌شوند.
روش‌هاي گزارش دهي و گزارش نويسي رايج در ميان اين سازمان‌ها ضعيف است كه اين امر موجب مي‌شود تا جذب بودجه از پروژه‌هاي بين‌المللي مشكل باشد. (شعبانی:54) روابط عمومي اين سازمان‌ها ضعيف است و با تكيه به روش‌هاي سنتي انجام مي‌پذيرد. اين مسئله نيز باعث ضعف سازمان در معرفي خود و برقراري ارتباط با جامعه مي‌گردد. اين امر به نوبه خود موجب كاهش تأثيرگذاري اين سازمان‌ها در جوامع هدف و انحراف از رسالت سازمان مي‌شود.
روش‌هاي تأمين منابع مالي نامناسب و حتي در پاره‌اي از موارد غيراخلاقي هستند. بعضاً مشاهده مي‌شود كه كاركنان سازمان‌ها به در منازل افراد مراجعه مي‌كنند و اقدام به جمع‌آوري كمك‌هاي مالي مي‌نمايند. در مواردي نيز با مراجعه مستقيم به رهگذاران از آنها درخواست كمك مي‌شود. اين امر به وجهة سازمان در جامعه صدمه مي‌زند و بيگانگي هر چه بيشتر مردم با اين سازمان‌ها را به دنبال خواهد آورد. ارزيابي مستمر و مداوم از فعاليت‌ها صورت نمي‌پذيرد. اين امر در بلند مدت موجب توقف فعاليت‌ها و يا انحراف سازمان از اصول و برنامه‌هاي مشخص شده مي‌گردد. برنامه‌ريزي در اين سازمان‌ها عمدتاً به صورت كوتاه مدت و براساس نيازهاي روزمره انجام مي‌پذيرد. بسياري از سازمان‌هاي غيردولتي در زمينه طراحي برنامه‌هاي بلند مدت و استراژيك دچار مشكل مي‌باشند.
ث- عدم آگاهی این سازمان ها نسبت به نقش و جایگاه خود
سازمان‌هاي غيردولتي عمدتاً از نقشي كه در جهت شكل‌دهي به ساختار اجتماعي و تغيير فرهنگ و ارز‌ش‌هاي حاكم بر جامعه برخوردار مي‌باشند آگاهي ندارند. آنها از رسالت و مأموريت اصلي خود كه واسطه ميان مردم و دولت‌ها مي‌باشند درك مناسبي ندارند.
ميزان خود باوري در اين سازمان‌ها پايين است و از توانمندي‌هاي خود غافل اند؛ در نتيجه مطالباتي را كه مي‌توانند داشته باشند از دولت تقاضا نمي‌كنند. اين امر به نوبه خود موجب مي‌شود تا دولت نيز نقش و جايگاهي مناسب را براي اين سازمان‌ها در نظر نگيرد و حضور آن را در سياست گذاري‌ها و برنامه‌ريزي‌ها و فعاليت‌هاي عمومي به رسميت نشناسد.
ج- همسویی با دولت
در برنامه‌هاي اعلام شده برخي از سازمان‌هاي غيردولتي عباراتي به چشم مي‌خورد كه اگر بيننده با سازمان مربوطه آشنايي نداشته باشد تصور خواهد كرد كه با يكي از ارکان رسمي دولت روبه رو است .« با توجه به مردمي بودن انقلاب اسلامي، خواسته‌هاي سازمان‌هاي غيردولتي ايران در راستاي اهداف نظام قرار دارد. لذا بسياري از اقدامات آنها همسو با دولت بوده و فارغ از مشكلات سازمان‌هاي غيردولتي ساير كشورها فعاليت مي‌كنند.» (گزارش ملی وضعیت زنان در جمهوری اسلامی ایران :1391)
محدوديت منابع مالي برخي از سازمان‌هاي غيردولتي را مجبور ساخته است تا به جاي اجراي برنامه‌هاي مستقل و در راستاي اهداف خويش به دنبال اجراي برنامه‌هاي دولت بروند تا از كمك‌هاي دولت بهره‌مند گردند. عدم وجود دركي مناسب از تعريف و جايگاه سازمان‌هاي غيردولتي در جامعه و در درون خودآنها باعث
